Silicon in PDB 6y7o: The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
Protein crystallography data
The structure of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta), PDB code: 6y7o
was solved by
L.Vandebroek,
H.Noguchi,
T.N.Parac-Vogt,
L.Van Meervelt,
A.R.D.Voet,
with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:
Resolution Low / High (Å)
|
47.20 /
2.30
|
Space group
|
C 1 2 1
|
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)
|
94.554,
133.505,
81.753,
90.00,
125.27,
90.00
|
R / Rfree (%)
|
24.1 /
29.3
|
Other elements in 6y7o:
The structure of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) also contains other interesting chemical elements:
Silicon Binding Sites:
Pages:
>>> Page 1 <<<
Page 2, Binding sites: 11 -
20;
Binding sites:
The binding sites of Silicon atom in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
(pdb code 6y7o). This binding sites where shown within
5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
In total 20 binding sites of Silicon where determined in the
The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta), PDB code: 6y7o:
Jump to Silicon binding site number:
1;
2;
3;
4;
5;
6;
7;
8;
9;
10;
Silicon binding site 1 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 1 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_01.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_01_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 1 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si401
b:42.2
occ:0.37
|
SI1
|
A:SIW401
|
0.0
|
42.2
|
0.4
|
SI1
|
A:SIW401
|
0.7
|
43.9
|
0.2
|
O22
|
A:SIW401
|
1.4
|
46.0
|
0.2
|
O19E
|
A:SIW401
|
1.5
|
45.5
|
0.4
|
O4
|
A:SIW401
|
1.5
|
46.3
|
0.4
|
O21
|
A:SIW401
|
1.5
|
46.5
|
0.2
|
O19E
|
A:SIW401
|
1.5
|
45.6
|
0.2
|
O22
|
A:SIW401
|
1.7
|
46.6
|
0.4
|
O21
|
A:SIW401
|
1.7
|
46.1
|
0.4
|
O4
|
A:SIW401
|
2.1
|
47.4
|
0.2
|
W5
|
A:SIW401
|
3.0
|
52.0
|
0.2
|
O2
|
A:SIW401
|
3.0
|
43.2
|
0.2
|
W4
|
A:SIW401
|
3.0
|
54.3
|
0.2
|
O18E
|
A:SIW401
|
3.1
|
44.6
|
0.2
|
O20E
|
A:SIW401
|
3.2
|
44.8
|
0.2
|
W1E
|
A:SIW401
|
3.2
|
51.2
|
0.2
|
W3
|
A:SIW401
|
3.4
|
35.6
|
0.2
|
O23
|
A:SIW401
|
3.4
|
44.8
|
0.2
|
W2
|
A:SIW401
|
3.4
|
43.9
|
0.2
|
O16
|
A:SIW401
|
3.4
|
46.3
|
0.2
|
O15
|
A:SIW401
|
3.4
|
45.9
|
0.2
|
O1
|
A:SIW401
|
3.4
|
48.0
|
0.2
|
O9E
|
A:SIW401
|
3.5
|
46.0
|
0.2
|
W7
|
A:SIW401
|
3.5
|
47.1
|
0.4
|
W1
|
A:SIW401
|
3.5
|
52.9
|
0.4
|
W5
|
A:SIW401
|
3.5
|
31.1
|
0.4
|
W1E
|
A:SIW401
|
3.5
|
33.1
|
0.4
|
W2
|
A:SIW401
|
3.5
|
51.3
|
0.4
|
W4E
|
A:SIW401
|
3.5
|
45.8
|
0.4
|
W4
|
A:SIW401
|
3.5
|
54.2
|
0.4
|
O18
|
A:SIW401
|
3.5
|
47.0
|
0.4
|
W5E
|
A:SIW401
|
3.5
|
55.0
|
0.4
|
W2E
|
A:SIW401
|
3.5
|
44.3
|
0.4
|
W6
|
A:SIW401
|
3.5
|
44.4
|
0.2
|
W3E
|
A:SIW401
|
3.5
|
45.9
|
0.4
|
O9
|
A:SIW401
|
3.5
|
45.8
|
0.4
|
W6
|
A:SIW401
|
3.5
|
47.4
|
0.4
|
O18E
|
A:SIW401
|
3.6
|
42.0
|
0.4
|
O9E
|
A:SIW401
|
3.6
|
46.2
|
0.4
|
W3
|
A:SIW401
|
3.6
|
53.5
|
0.4
|
O3
|
A:SIW401
|
3.6
|
46.1
|
0.2
|
W7
|
A:SIW401
|
3.6
|
38.7
|
0.2
|
O17
|
A:SIW401
|
3.6
|
46.1
|
0.2
|
O16E
|
A:SIW401
|
3.6
|
44.5
|
0.4
|
O16
|
A:SIW401
|
3.6
|
47.1
|
0.4
|
O20
|
A:SIW401
|
3.6
|
49.7
|
0.4
|
O2
|
A:SIW401
|
3.6
|
46.9
|
0.4
|
O20E
|
A:SIW401
|
3.6
|
45.8
|
0.4
|
O8
|
A:SIW401
|
3.6
|
43.2
|
0.4
|
O2E
|
A:SIW401
|
3.6
|
48.0
|
0.4
|
O17E
|
A:SIW401
|
3.6
|
43.6
|
0.4
|
O8E
|
A:SIW401
|
3.7
|
46.1
|
0.2
|
O17
|
A:SIW401
|
3.7
|
46.4
|
0.4
|
O8E
|
A:SIW401
|
3.7
|
48.1
|
0.4
|
O23
|
A:SIW401
|
3.7
|
45.3
|
0.4
|
O17E
|
A:SIW401
|
3.7
|
47.7
|
0.2
|
O9
|
A:SIW401
|
3.7
|
48.1
|
0.2
|
O23E
|
A:SIW401
|
3.7
|
47.1
|
0.4
|
O1E
|
A:SIW401
|
3.7
|
44.1
|
0.4
|
O1
|
A:SIW401
|
3.7
|
48.3
|
0.4
|
O7
|
A:SIW401
|
3.8
|
42.9
|
0.4
|
W3E
|
A:SIW401
|
3.8
|
41.1
|
0.2
|
O8
|
A:SIW401
|
3.8
|
49.4
|
0.2
|
O7E
|
A:SIW401
|
3.8
|
41.0
|
0.4
|
O7
|
A:SIW401
|
3.9
|
48.8
|
0.2
|
W2E
|
A:SIW401
|
3.9
|
28.8
|
0.2
|
W1
|
A:SIW401
|
3.9
|
56.2
|
0.2
|
O16E
|
A:SIW401
|
3.9
|
47.6
|
0.2
|
O15
|
A:SIW401
|
3.9
|
46.0
|
0.4
|
O15E
|
A:SIW401
|
4.0
|
48.6
|
0.4
|
O3E
|
A:SIW401
|
4.0
|
51.9
|
0.4
|
O18
|
A:SIW401
|
4.0
|
48.4
|
0.2
|
O3
|
A:SIW401
|
4.0
|
40.2
|
0.4
|
O7E
|
A:SIW401
|
4.0
|
46.6
|
0.2
|
O23E
|
A:SIW401
|
4.1
|
46.1
|
0.2
|
W4E
|
A:SIW401
|
4.1
|
50.3
|
0.2
|
O1E
|
A:SIW401
|
4.1
|
45.0
|
0.2
|
W5E
|
A:SIW401
|
4.1
|
60.5
|
0.2
|
O20
|
A:SIW401
|
4.2
|
45.8
|
0.2
|
O2E
|
A:SIW401
|
4.3
|
45.5
|
0.2
|
O15E
|
A:SIW401
|
4.5
|
46.6
|
0.2
|
O3E
|
A:SIW401
|
4.6
|
46.0
|
0.2
|
O13
|
A:SIW401
|
4.6
|
45.7
|
0.2
|
O14
|
A:SIW401
|
4.7
|
47.1
|
0.2
|
O12E
|
A:SIW401
|
4.8
|
47.9
|
0.2
|
O11
|
A:SIW401
|
5.0
|
47.9
|
0.2
|
|
Silicon binding site 2 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 2 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_02.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_02_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 2 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si401
b:43.9
occ:0.22
|
SI1
|
A:SIW401
|
0.0
|
43.9
|
0.2
|
SI1
|
A:SIW401
|
0.7
|
42.2
|
0.4
|
O4
|
A:SIW401
|
1.2
|
46.3
|
0.4
|
O19E
|
A:SIW401
|
1.5
|
45.6
|
0.2
|
O4
|
A:SIW401
|
1.5
|
47.4
|
0.2
|
O19E
|
A:SIW401
|
1.6
|
45.5
|
0.4
|
O22
|
A:SIW401
|
1.7
|
46.0
|
0.2
|
O21
|
A:SIW401
|
1.7
|
46.5
|
0.2
|
O21
|
A:SIW401
|
1.8
|
46.1
|
0.4
|
O22
|
A:SIW401
|
2.3
|
46.6
|
0.4
|
W4E
|
A:SIW401
|
2.9
|
45.8
|
0.4
|
O18
|
A:SIW401
|
3.0
|
47.0
|
0.4
|
O16E
|
A:SIW401
|
3.0
|
44.5
|
0.4
|
W7
|
A:SIW401
|
3.1
|
47.1
|
0.4
|
O2E
|
A:SIW401
|
3.2
|
48.0
|
0.4
|
W2E
|
A:SIW401
|
3.2
|
44.3
|
0.4
|
W1
|
A:SIW401
|
3.3
|
52.9
|
0.4
|
W5E
|
A:SIW401
|
3.4
|
55.0
|
0.4
|
O3E
|
A:SIW401
|
3.4
|
51.9
|
0.4
|
O18
|
A:SIW401
|
3.5
|
48.4
|
0.2
|
W4E
|
A:SIW401
|
3.5
|
50.3
|
0.2
|
O20
|
A:SIW401
|
3.5
|
49.7
|
0.4
|
O8
|
A:SIW401
|
3.5
|
43.2
|
0.4
|
W7
|
A:SIW401
|
3.5
|
38.7
|
0.2
|
O7E
|
A:SIW401
|
3.5
|
41.0
|
0.4
|
W1
|
A:SIW401
|
3.5
|
56.2
|
0.2
|
O1E
|
A:SIW401
|
3.5
|
44.1
|
0.4
|
W1E
|
A:SIW401
|
3.5
|
51.2
|
0.2
|
W4
|
A:SIW401
|
3.5
|
54.3
|
0.2
|
W2
|
A:SIW401
|
3.5
|
43.9
|
0.2
|
O16E
|
A:SIW401
|
3.5
|
47.6
|
0.2
|
O18E
|
A:SIW401
|
3.5
|
44.6
|
0.2
|
W5
|
A:SIW401
|
3.5
|
52.0
|
0.2
|
W6
|
A:SIW401
|
3.5
|
44.4
|
0.2
|
W3
|
A:SIW401
|
3.5
|
35.6
|
0.2
|
O9E
|
A:SIW401
|
3.5
|
46.0
|
0.2
|
W3E
|
A:SIW401
|
3.6
|
41.1
|
0.2
|
O16
|
A:SIW401
|
3.6
|
47.1
|
0.4
|
O9
|
A:SIW401
|
3.6
|
48.1
|
0.2
|
O7
|
A:SIW401
|
3.6
|
42.9
|
0.4
|
W2
|
A:SIW401
|
3.6
|
51.3
|
0.4
|
W2E
|
A:SIW401
|
3.6
|
28.8
|
0.2
|
W5E
|
A:SIW401
|
3.6
|
60.5
|
0.2
|
W3E
|
A:SIW401
|
3.6
|
45.9
|
0.4
|
O16
|
A:SIW401
|
3.6
|
46.3
|
0.2
|
O8
|
A:SIW401
|
3.6
|
49.4
|
0.2
|
O17E
|
A:SIW401
|
3.6
|
47.7
|
0.2
|
O20E
|
A:SIW401
|
3.6
|
44.8
|
0.2
|
O2
|
A:SIW401
|
3.6
|
43.2
|
0.2
|
O8E
|
A:SIW401
|
3.7
|
48.1
|
0.4
|
O17
|
A:SIW401
|
3.7
|
46.1
|
0.2
|
O20
|
A:SIW401
|
3.7
|
45.8
|
0.2
|
O8E
|
A:SIW401
|
3.7
|
46.1
|
0.2
|
O23
|
A:SIW401
|
3.7
|
44.8
|
0.2
|
O2E
|
A:SIW401
|
3.7
|
45.5
|
0.2
|
O1
|
A:SIW401
|
3.7
|
48.0
|
0.2
|
O9
|
A:SIW401
|
3.7
|
45.8
|
0.4
|
O23E
|
A:SIW401
|
3.8
|
46.1
|
0.2
|
O1E
|
A:SIW401
|
3.8
|
45.0
|
0.2
|
O9E
|
A:SIW401
|
3.8
|
46.2
|
0.4
|
O7
|
A:SIW401
|
3.8
|
48.8
|
0.2
|
W1E
|
A:SIW401
|
3.8
|
33.1
|
0.4
|
O18E
|
A:SIW401
|
3.8
|
42.0
|
0.4
|
O15E
|
A:SIW401
|
3.8
|
48.6
|
0.4
|
W4
|
A:SIW401
|
3.8
|
54.2
|
0.4
|
O23E
|
A:SIW401
|
3.9
|
47.1
|
0.4
|
O7E
|
A:SIW401
|
3.9
|
46.6
|
0.2
|
O15
|
A:SIW401
|
3.9
|
45.9
|
0.2
|
O17E
|
A:SIW401
|
4.0
|
43.6
|
0.4
|
W6
|
A:SIW401
|
4.0
|
47.4
|
0.4
|
W3
|
A:SIW401
|
4.0
|
53.5
|
0.4
|
O3
|
A:SIW401
|
4.0
|
46.1
|
0.2
|
O15E
|
A:SIW401
|
4.0
|
46.6
|
0.2
|
O3E
|
A:SIW401
|
4.1
|
46.0
|
0.2
|
O1
|
A:SIW401
|
4.1
|
48.3
|
0.4
|
O17
|
A:SIW401
|
4.1
|
46.4
|
0.4
|
W5
|
A:SIW401
|
4.2
|
31.1
|
0.4
|
O2
|
A:SIW401
|
4.2
|
46.9
|
0.4
|
O20E
|
A:SIW401
|
4.2
|
45.8
|
0.4
|
O3
|
A:SIW401
|
4.3
|
40.2
|
0.4
|
O23
|
A:SIW401
|
4.3
|
45.3
|
0.4
|
O14E
|
A:SIW401
|
4.5
|
49.1
|
0.4
|
O15
|
A:SIW401
|
4.5
|
46.0
|
0.4
|
O6
|
A:SIW401
|
4.8
|
47.2
|
0.4
|
O10E
|
A:SIW401
|
4.9
|
46.8
|
0.4
|
O12
|
A:SIW401
|
4.9
|
51.3
|
0.4
|
|
Silicon binding site 3 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 3 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_03.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_03_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 3 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si402
b:34.6
occ:0.29
|
SI1
|
A:SIW402
|
0.0
|
34.6
|
0.3
|
SI1
|
A:SIW402
|
0.8
|
34.3
|
0.3
|
O19E
|
A:SIW402
|
0.9
|
36.1
|
0.3
|
O19E
|
A:SIW402
|
1.5
|
36.6
|
0.3
|
O4
|
A:SIW402
|
1.5
|
36.1
|
0.3
|
O21
|
A:SIW402
|
1.7
|
35.8
|
0.3
|
O22
|
A:SIW402
|
1.7
|
35.5
|
0.3
|
O21
|
A:SIW402
|
1.7
|
35.9
|
0.3
|
O22
|
A:SIW402
|
2.1
|
34.9
|
0.3
|
O4
|
A:SIW402
|
2.2
|
36.5
|
0.3
|
O13E
|
A:SIW402
|
2.7
|
35.8
|
0.3
|
W1E
|
A:SIW402
|
2.8
|
39.0
|
0.3
|
O18E
|
A:SIW402
|
2.9
|
35.2
|
0.3
|
O8E
|
A:SIW402
|
2.9
|
36.1
|
0.3
|
W2E
|
A:SIW402
|
3.0
|
37.8
|
0.3
|
O9E
|
A:SIW402
|
3.1
|
35.1
|
0.3
|
W4
|
A:SIW402
|
3.1
|
35.9
|
0.3
|
O16
|
A:SIW402
|
3.2
|
34.7
|
0.3
|
O20E
|
A:SIW402
|
3.2
|
35.7
|
0.3
|
W7
|
A:SIW402
|
3.3
|
39.8
|
0.3
|
O7E
|
A:SIW402
|
3.3
|
36.3
|
0.3
|
W3E
|
A:SIW402
|
3.4
|
36.8
|
0.3
|
O1E
|
A:SIW402
|
3.4
|
37.0
|
0.3
|
W7
|
A:SIW402
|
3.4
|
37.0
|
0.3
|
W4
|
A:SIW402
|
3.4
|
36.0
|
0.3
|
O18E
|
A:SIW402
|
3.5
|
37.9
|
0.3
|
W2
|
A:SIW402
|
3.5
|
38.1
|
0.3
|
W5
|
A:SIW402
|
3.5
|
36.5
|
0.3
|
O2
|
A:SIW402
|
3.5
|
36.3
|
0.3
|
W4E
|
A:SIW402
|
3.5
|
37.6
|
0.3
|
O16E
|
A:SIW402
|
3.5
|
35.7
|
0.3
|
W5
|
A:SIW402
|
3.5
|
37.4
|
0.3
|
W1
|
A:SIW402
|
3.5
|
34.6
|
0.3
|
W1E
|
A:SIW402
|
3.5
|
27.1
|
0.3
|
O18
|
A:SIW402
|
3.5
|
36.1
|
0.3
|
O16
|
A:SIW402
|
3.5
|
36.6
|
0.3
|
W3
|
A:SIW402
|
3.5
|
34.2
|
0.3
|
W2E
|
A:SIW402
|
3.5
|
28.6
|
0.3
|
O2
|
A:SIW402
|
3.6
|
36.8
|
0.3
|
O9
|
A:SIW402
|
3.6
|
35.1
|
0.3
|
O9E
|
A:SIW402
|
3.6
|
35.6
|
0.3
|
O8
|
A:SIW402
|
3.6
|
35.8
|
0.3
|
W6
|
A:SIW402
|
3.6
|
35.9
|
0.3
|
O20
|
A:SIW402
|
3.6
|
35.3
|
0.3
|
O20E
|
A:SIW402
|
3.6
|
36.8
|
0.3
|
O1
|
A:SIW402
|
3.7
|
35.0
|
0.3
|
O16E
|
A:SIW402
|
3.7
|
36.8
|
0.3
|
O8E
|
A:SIW402
|
3.7
|
35.4
|
0.3
|
W5E
|
A:SIW402
|
3.7
|
39.4
|
0.3
|
W3E
|
A:SIW402
|
3.7
|
36.5
|
0.3
|
O17
|
A:SIW402
|
3.7
|
34.2
|
0.3
|
O23
|
A:SIW402
|
3.7
|
33.8
|
0.3
|
O17E
|
A:SIW402
|
3.7
|
36.5
|
0.3
|
O7E
|
A:SIW402
|
3.7
|
37.1
|
0.3
|
O7
|
A:SIW402
|
3.7
|
37.0
|
0.3
|
W4E
|
A:SIW402
|
3.7
|
34.2
|
0.3
|
O2E
|
A:SIW402
|
3.8
|
36.3
|
0.3
|
O17E
|
A:SIW402
|
3.8
|
36.2
|
0.3
|
O23
|
A:SIW402
|
3.8
|
35.8
|
0.3
|
O3E
|
A:SIW402
|
3.8
|
36.2
|
0.3
|
O1E
|
A:SIW402
|
3.9
|
36.0
|
0.3
|
W2
|
A:SIW402
|
3.9
|
31.7
|
0.3
|
W6
|
A:SIW402
|
3.9
|
34.4
|
0.3
|
O15
|
A:SIW402
|
3.9
|
35.6
|
0.3
|
O3
|
A:SIW402
|
3.9
|
36.2
|
0.3
|
O23E
|
A:SIW402
|
4.0
|
34.5
|
0.3
|
O7
|
A:SIW402
|
4.0
|
35.4
|
0.3
|
O3E
|
A:SIW402
|
4.0
|
36.2
|
0.3
|
O3
|
A:SIW402
|
4.0
|
36.2
|
0.3
|
O2E
|
A:SIW402
|
4.0
|
35.7
|
0.3
|
O18
|
A:SIW402
|
4.0
|
35.4
|
0.3
|
W5E
|
A:SIW402
|
4.1
|
37.9
|
0.3
|
O15E
|
A:SIW402
|
4.1
|
36.0
|
0.3
|
W3
|
A:SIW402
|
4.2
|
27.9
|
0.3
|
O15
|
A:SIW402
|
4.2
|
37.3
|
0.3
|
O1
|
A:SIW402
|
4.2
|
35.6
|
0.3
|
O17
|
A:SIW402
|
4.2
|
36.7
|
0.3
|
O15E
|
A:SIW402
|
4.2
|
35.2
|
0.3
|
O8
|
A:SIW402
|
4.3
|
34.7
|
0.3
|
O23E
|
A:SIW402
|
4.3
|
35.6
|
0.3
|
W1
|
A:SIW402
|
4.3
|
28.8
|
0.3
|
O9
|
A:SIW402
|
4.4
|
34.7
|
0.3
|
O20
|
A:SIW402
|
4.4
|
35.2
|
0.3
|
O12E
|
A:SIW402
|
4.4
|
38.6
|
0.3
|
O10E
|
A:SIW402
|
4.7
|
38.1
|
0.3
|
O14
|
A:SIW402
|
4.8
|
38.3
|
0.3
|
O6
|
A:SIW402
|
5.0
|
38.6
|
0.3
|
O11E
|
A:SIW402
|
5.0
|
36.5
|
0.3
|
|
Silicon binding site 4 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 4 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_04.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_04_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 4 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si402
b:34.3
occ:0.28
|
SI1
|
A:SIW402
|
0.0
|
34.3
|
0.3
|
SI1
|
A:SIW402
|
0.8
|
34.6
|
0.3
|
O22
|
A:SIW402
|
1.1
|
35.5
|
0.3
|
O4
|
A:SIW402
|
1.4
|
36.1
|
0.3
|
O19E
|
A:SIW402
|
1.5
|
36.1
|
0.3
|
O4
|
A:SIW402
|
1.5
|
36.5
|
0.3
|
O22
|
A:SIW402
|
1.7
|
34.9
|
0.3
|
O21
|
A:SIW402
|
1.7
|
35.9
|
0.3
|
O19E
|
A:SIW402
|
2.0
|
36.6
|
0.3
|
O21
|
A:SIW402
|
2.1
|
35.8
|
0.3
|
O13E
|
A:SIW402
|
2.4
|
35.8
|
0.3
|
W3
|
A:SIW402
|
2.9
|
34.2
|
0.3
|
O9
|
A:SIW402
|
2.9
|
35.1
|
0.3
|
O17
|
A:SIW402
|
2.9
|
34.2
|
0.3
|
W6
|
A:SIW402
|
3.0
|
35.9
|
0.3
|
O20
|
A:SIW402
|
3.1
|
35.3
|
0.3
|
W1
|
A:SIW402
|
3.1
|
34.6
|
0.3
|
W5
|
A:SIW402
|
3.3
|
37.4
|
0.3
|
O23
|
A:SIW402
|
3.3
|
33.8
|
0.3
|
O1
|
A:SIW402
|
3.3
|
35.0
|
0.3
|
O23E
|
A:SIW402
|
3.4
|
34.5
|
0.3
|
W5E
|
A:SIW402
|
3.4
|
39.4
|
0.3
|
O15
|
A:SIW402
|
3.4
|
35.6
|
0.3
|
O8
|
A:SIW402
|
3.5
|
35.8
|
0.3
|
O17E
|
A:SIW402
|
3.5
|
36.2
|
0.3
|
W2
|
A:SIW402
|
3.5
|
38.1
|
0.3
|
O18
|
A:SIW402
|
3.5
|
35.4
|
0.3
|
W7
|
A:SIW402
|
3.5
|
39.8
|
0.3
|
W4E
|
A:SIW402
|
3.5
|
34.2
|
0.3
|
W2
|
A:SIW402
|
3.5
|
31.7
|
0.3
|
W1
|
A:SIW402
|
3.5
|
28.8
|
0.3
|
W4
|
A:SIW402
|
3.5
|
35.9
|
0.3
|
W6
|
A:SIW402
|
3.5
|
34.4
|
0.3
|
W1E
|
A:SIW402
|
3.5
|
39.0
|
0.3
|
W5
|
A:SIW402
|
3.5
|
36.5
|
0.3
|
O18E
|
A:SIW402
|
3.5
|
35.2
|
0.3
|
W3
|
A:SIW402
|
3.5
|
27.9
|
0.3
|
W3E
|
A:SIW402
|
3.5
|
36.8
|
0.3
|
O18
|
A:SIW402
|
3.6
|
36.1
|
0.3
|
W2E
|
A:SIW402
|
3.6
|
37.8
|
0.3
|
O9E
|
A:SIW402
|
3.6
|
35.1
|
0.3
|
W5E
|
A:SIW402
|
3.6
|
37.9
|
0.3
|
O9
|
A:SIW402
|
3.6
|
34.7
|
0.3
|
O16E
|
A:SIW402
|
3.6
|
36.8
|
0.3
|
O16
|
A:SIW402
|
3.6
|
34.7
|
0.3
|
O2
|
A:SIW402
|
3.6
|
36.8
|
0.3
|
O20E
|
A:SIW402
|
3.6
|
35.7
|
0.3
|
O17
|
A:SIW402
|
3.6
|
36.7
|
0.3
|
O17E
|
A:SIW402
|
3.7
|
36.5
|
0.3
|
O2
|
A:SIW402
|
3.7
|
36.3
|
0.3
|
O20
|
A:SIW402
|
3.7
|
35.2
|
0.3
|
O8
|
A:SIW402
|
3.7
|
34.7
|
0.3
|
O2E
|
A:SIW402
|
3.7
|
35.7
|
0.3
|
O8E
|
A:SIW402
|
3.7
|
36.1
|
0.3
|
O23
|
A:SIW402
|
3.7
|
35.8
|
0.3
|
O23E
|
A:SIW402
|
3.7
|
35.6
|
0.3
|
O1
|
A:SIW402
|
3.7
|
35.6
|
0.3
|
O20E
|
A:SIW402
|
3.7
|
36.8
|
0.3
|
O1E
|
A:SIW402
|
3.7
|
37.0
|
0.3
|
O2E
|
A:SIW402
|
3.8
|
36.3
|
0.3
|
W4E
|
A:SIW402
|
3.8
|
37.6
|
0.3
|
O7
|
A:SIW402
|
3.8
|
35.4
|
0.3
|
W3E
|
A:SIW402
|
3.8
|
36.5
|
0.3
|
O9E
|
A:SIW402
|
3.8
|
35.6
|
0.3
|
O7E
|
A:SIW402
|
3.9
|
36.3
|
0.3
|
W4
|
A:SIW402
|
3.9
|
36.0
|
0.3
|
O15
|
A:SIW402
|
3.9
|
37.3
|
0.3
|
O3
|
A:SIW402
|
4.0
|
36.2
|
0.3
|
O15E
|
A:SIW402
|
4.0
|
36.0
|
0.3
|
W1E
|
A:SIW402
|
4.0
|
27.1
|
0.3
|
O3E
|
A:SIW402
|
4.0
|
36.2
|
0.3
|
O16E
|
A:SIW402
|
4.0
|
35.7
|
0.3
|
O18E
|
A:SIW402
|
4.0
|
37.9
|
0.3
|
W7
|
A:SIW402
|
4.1
|
37.0
|
0.3
|
O3
|
A:SIW402
|
4.1
|
36.2
|
0.3
|
O7
|
A:SIW402
|
4.1
|
37.0
|
0.3
|
O15E
|
A:SIW402
|
4.2
|
35.2
|
0.3
|
O16
|
A:SIW402
|
4.2
|
36.6
|
0.3
|
W2E
|
A:SIW402
|
4.2
|
28.6
|
0.3
|
O1E
|
A:SIW402
|
4.3
|
36.0
|
0.3
|
O8E
|
A:SIW402
|
4.4
|
35.4
|
0.3
|
O11
|
A:SIW402
|
4.5
|
37.0
|
0.3
|
O7E
|
A:SIW402
|
4.5
|
37.1
|
0.3
|
O3E
|
A:SIW402
|
4.5
|
36.2
|
0.3
|
O5
|
A:SIW402
|
4.6
|
37.9
|
0.3
|
O12
|
A:SIW402
|
4.7
|
37.5
|
0.3
|
O13
|
A:SIW402
|
5.0
|
36.7
|
0.3
|
|
Silicon binding site 5 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 5 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_05.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_05_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 5 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si403
b:65.0
occ:0.28
|
SI1
|
A:SIW403
|
0.0
|
65.0
|
0.3
|
O19E
|
A:SIW403
|
1.5
|
65.0
|
0.3
|
O4
|
A:SIW403
|
1.5
|
65.0
|
0.3
|
O22
|
A:SIW403
|
1.7
|
65.0
|
0.3
|
O21
|
A:SIW403
|
1.7
|
65.0
|
0.3
|
W7
|
A:SIW403
|
3.4
|
65.0
|
0.3
|
O16
|
A:SIW403
|
3.4
|
65.0
|
0.3
|
W5E
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W4
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W6
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W1
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
O20
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W1E
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W3E
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
O18E
|
A:SIW403
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W5
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
W3
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
W2
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O9
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
W2E
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O18
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O9E
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O20E
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
W4E
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O17E
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O17
|
A:SIW403
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O23E
|
A:SIW403
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O2E
|
A:SIW403
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O8E
|
A:SIW403
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O16E
|
A:SIW403
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O2
|
A:SIW403
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O23
|
A:SIW403
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O8
|
A:SIW403
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O1
|
A:SIW403
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O1E
|
A:SIW403
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O7
|
A:SIW403
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O7E
|
A:SIW403
|
3.9
|
65.0
|
0.3
|
O15E
|
A:SIW403
|
3.9
|
65.0
|
0.3
|
O15
|
A:SIW403
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
O3
|
A:SIW403
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
O3E
|
A:SIW403
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
|
Silicon binding site 6 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 6 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_06.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_06_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 6 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si404
b:65.0
occ:0.18
|
SI1
|
A:SIW404
|
0.0
|
65.0
|
0.2
|
O19E
|
A:SIW404
|
1.5
|
65.0
|
0.2
|
O4
|
A:SIW404
|
1.5
|
65.0
|
0.2
|
O22
|
A:SIW404
|
1.7
|
65.0
|
0.2
|
O21
|
A:SIW404
|
1.7
|
65.0
|
0.2
|
W7
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
O18E
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W4
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W1
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W2
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W1E
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W5
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W6
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W3
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W4E
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
O18
|
A:SIW404
|
3.5
|
65.0
|
0.2
|
W2E
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
W5E
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
W3E
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
O9
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
O9E
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
O16E
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
O16
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
O2
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
O20
|
A:SIW404
|
3.6
|
65.0
|
0.2
|
O20E
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O17E
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O8
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O17
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O8E
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O2E
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O23E
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O1
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O23
|
A:SIW404
|
3.7
|
65.0
|
0.2
|
O1E
|
A:SIW404
|
3.8
|
65.0
|
0.2
|
O7
|
A:SIW404
|
3.8
|
65.0
|
0.2
|
O7E
|
A:SIW404
|
3.8
|
65.0
|
0.2
|
O15
|
A:SIW404
|
3.9
|
65.0
|
0.2
|
O15E
|
A:SIW404
|
4.0
|
65.0
|
0.2
|
O3
|
A:SIW404
|
4.0
|
65.0
|
0.2
|
O3E
|
A:SIW404
|
4.0
|
65.0
|
0.2
|
|
Silicon binding site 7 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 7 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_07.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_07_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 7 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si405
b:65.0
occ:0.27
|
SI1
|
A:SIW405
|
0.0
|
65.0
|
0.3
|
O19E
|
A:SIW405
|
1.5
|
65.0
|
0.3
|
O4
|
A:SIW405
|
1.5
|
65.0
|
0.3
|
O22
|
A:SIW405
|
1.7
|
65.0
|
0.3
|
O21
|
A:SIW405
|
1.7
|
65.0
|
0.3
|
W7
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W1
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W4
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W2
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
O18E
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W6
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W1E
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W5
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W2E
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
O18
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W4E
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W3
|
A:SIW405
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W5E
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O9
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
W3E
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O9E
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O16E
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O16
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O20
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O20E
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O8
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O2
|
A:SIW405
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O17E
|
A:SIW405
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O17
|
A:SIW405
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O8E
|
A:SIW405
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O23E
|
A:SIW405
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O23
|
A:SIW405
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O2E
|
A:SIW405
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O1
|
A:SIW405
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O1E
|
A:SIW405
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O7E
|
A:SIW405
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O7
|
A:SIW405
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O15
|
A:SIW405
|
3.9
|
65.0
|
0.3
|
O15E
|
A:SIW405
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
O3
|
A:SIW405
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
O3E
|
A:SIW405
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
|
Silicon binding site 8 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 8 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_08.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_08_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 8 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si406
b:75.0
occ:0.15
|
SI1
|
A:SIW406
|
0.0
|
75.0
|
0.1
|
O19E
|
A:SIW406
|
1.5
|
75.0
|
0.1
|
O4
|
A:SIW406
|
1.5
|
75.0
|
0.1
|
O22
|
A:SIW406
|
1.7
|
75.0
|
0.1
|
O21
|
A:SIW406
|
1.7
|
75.0
|
0.1
|
W7
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W4
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W2
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W1
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
O18E
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W1E
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W6
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W5
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W3
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W2E
|
A:SIW406
|
3.5
|
75.0
|
0.1
|
W4E
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
W5E
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O18
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O9
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
W3E
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O9E
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O16E
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O16
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O20
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O20E
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O2
|
A:SIW406
|
3.6
|
75.0
|
0.1
|
O17
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O8
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O17E
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O8E
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O23E
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O2E
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O23
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O1
|
A:SIW406
|
3.7
|
75.0
|
0.1
|
O1E
|
A:SIW406
|
3.8
|
75.0
|
0.1
|
O7
|
A:SIW406
|
3.8
|
75.0
|
0.1
|
O7E
|
A:SIW406
|
3.8
|
75.0
|
0.1
|
O15
|
A:SIW406
|
3.9
|
75.0
|
0.1
|
O15E
|
A:SIW406
|
4.0
|
75.0
|
0.1
|
O3
|
A:SIW406
|
4.0
|
75.0
|
0.1
|
O3E
|
A:SIW406
|
4.0
|
75.0
|
0.1
|
|
Silicon binding site 9 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 9 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_09.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_09_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 9 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si407
b:65.0
occ:0.27
|
SI1
|
A:SIW407
|
0.0
|
65.0
|
0.3
|
O19E
|
A:SIW407
|
1.5
|
65.0
|
0.3
|
O4
|
A:SIW407
|
1.5
|
65.0
|
0.3
|
O22
|
A:SIW407
|
1.7
|
65.0
|
0.3
|
O21
|
A:SIW407
|
1.7
|
65.0
|
0.3
|
W7
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W2
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W1
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W1E
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W4
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W6
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
O18E
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W5
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W4E
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W3
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
O18
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W3E
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W5E
|
A:SIW407
|
3.5
|
65.0
|
0.3
|
W2E
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O9
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O9E
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O16E
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O16
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O17E
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O20E
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O2
|
A:SIW407
|
3.6
|
65.0
|
0.3
|
O8
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O20
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O17
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O8E
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O2E
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O23E
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O1
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O23
|
A:SIW407
|
3.7
|
65.0
|
0.3
|
O1E
|
A:SIW407
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O7
|
A:SIW407
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O7E
|
A:SIW407
|
3.8
|
65.0
|
0.3
|
O15E
|
A:SIW407
|
3.9
|
65.0
|
0.3
|
O15
|
A:SIW407
|
3.9
|
65.0
|
0.3
|
O3
|
A:SIW407
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
O3E
|
A:SIW407
|
4.0
|
65.0
|
0.3
|
|
Silicon binding site 10 out
of 20 in 6y7o
Go back to
Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 10 out
of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_10.jpg) Mono view
![](/pictures/SI/pdb/y7/6y7o-SI-sphere_10_stereo.jpg) Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 10 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
B:Si401
b:41.0
occ:0.35
|
SI1
|
B:SIW401
|
0.0
|
41.0
|
0.3
|
SI1
|
B:SIW401
|
0.7
|
42.5
|
0.2
|
O19E
|
B:SIW401
|
1.2
|
44.3
|
0.2
|
O19E
|
B:SIW401
|
1.5
|
43.9
|
0.3
|
O4
|
B:SIW401
|
1.5
|
44.1
|
0.3
|
O21
|
B:SIW401
|
1.7
|
45.5
|
0.2
|
O22
|
B:SIW401
|
1.7
|
44.9
|
0.3
|
O21
|
B:SIW401
|
1.7
|
46.7
|
0.3
|
O4
|
B:SIW401
|
1.7
|
43.9
|
0.2
|
O22
|
B:SIW401
|
2.3
|
47.0
|
0.2
|
W2E
|
B:SIW401
|
2.9
|
53.9
|
0.2
|
W7
|
B:SIW401
|
3.0
|
53.2
|
0.2
|
O8E
|
B:SIW401
|
3.1
|
45.3
|
0.2
|
O7E
|
B:SIW401
|
3.1
|
41.7
|
0.2
|
O16
|
B:SIW401
|
3.2
|
45.0
|
0.2
|
O16E
|
B:SIW401
|
3.2
|
40.9
|
0.2
|
O18E
|
B:SIW401
|
3.2
|
48.1
|
0.2
|
W4E
|
B:SIW401
|
3.3
|
55.5
|
0.2
|
W1E
|
B:SIW401
|
3.3
|
38.2
|
0.2
|
O1E
|
B:SIW401
|
3.4
|
42.3
|
0.2
|
W4
|
B:SIW401
|
3.4
|
39.0
|
0.2
|
O9E
|
B:SIW401
|
3.5
|
45.1
|
0.2
|
O3E
|
B:SIW401
|
3.5
|
43.2
|
0.2
|
W5E
|
B:SIW401
|
3.5
|
34.6
|
0.3
|
W3E
|
B:SIW401
|
3.5
|
41.7
|
0.2
|
W2
|
B:SIW401
|
3.5
|
62.3
|
0.3
|
W6
|
B:SIW401
|
3.5
|
35.3
|
0.3
|
W4
|
B:SIW401
|
3.5
|
49.0
|
0.3
|
W1
|
B:SIW401
|
3.5
|
45.4
|
0.3
|
O18E
|
B:SIW401
|
3.5
|
42.4
|
0.3
|
W1E
|
B:SIW401
|
3.5
|
47.8
|
0.3
|
W7
|
B:SIW401
|
3.5
|
40.2
|
0.3
|
W5
|
B:SIW401
|
3.5
|
45.1
|
0.3
|
W4E
|
B:SIW401
|
3.5
|
37.1
|
0.3
|
O18
|
B:SIW401
|
3.5
|
43.7
|
0.3
|
W3
|
B:SIW401
|
3.6
|
53.7
|
0.3
|
W2E
|
B:SIW401
|
3.6
|
41.8
|
0.3
|
O18
|
B:SIW401
|
3.6
|
44.4
|
0.2
|
W3E
|
B:SIW401
|
3.6
|
55.4
|
0.3
|
O9
|
B:SIW401
|
3.6
|
43.1
|
0.3
|
O9E
|
B:SIW401
|
3.6
|
38.4
|
0.3
|
O20
|
B:SIW401
|
3.6
|
43.6
|
0.3
|
O16
|
B:SIW401
|
3.6
|
48.5
|
0.3
|
O2E
|
B:SIW401
|
3.6
|
43.8
|
0.2
|
O2
|
B:SIW401
|
3.6
|
43.9
|
0.3
|
O17
|
B:SIW401
|
3.7
|
43.1
|
0.3
|
O16E
|
B:SIW401
|
3.7
|
48.9
|
0.3
|
O20E
|
B:SIW401
|
3.7
|
44.8
|
0.3
|
O17E
|
B:SIW401
|
3.7
|
44.8
|
0.3
|
O8
|
B:SIW401
|
3.7
|
48.7
|
0.3
|
O23E
|
B:SIW401
|
3.7
|
46.8
|
0.3
|
O2E
|
B:SIW401
|
3.7
|
45.3
|
0.3
|
O8E
|
B:SIW401
|
3.7
|
40.2
|
0.3
|
O7
|
B:SIW401
|
3.7
|
44.0
|
0.2
|
O23
|
B:SIW401
|
3.7
|
45.9
|
0.3
|
O1
|
B:SIW401
|
3.7
|
46.0
|
0.3
|
O1E
|
B:SIW401
|
3.7
|
46.0
|
0.3
|
W2
|
B:SIW401
|
3.7
|
36.2
|
0.2
|
O20E
|
B:SIW401
|
3.8
|
48.2
|
0.2
|
O7
|
B:SIW401
|
3.8
|
47.9
|
0.3
|
W5E
|
B:SIW401
|
3.8
|
34.1
|
0.2
|
W1
|
B:SIW401
|
3.9
|
27.6
|
0.2
|
O2
|
B:SIW401
|
3.9
|
48.7
|
0.2
|
O7E
|
B:SIW401
|
3.9
|
41.8
|
0.3
|
O8
|
B:SIW401
|
3.9
|
44.4
|
0.2
|
W5
|
B:SIW401
|
3.9
|
67.7
|
0.2
|
O15
|
B:SIW401
|
3.9
|
45.8
|
0.3
|
O15E
|
B:SIW401
|
4.0
|
42.2
|
0.3
|
O17E
|
B:SIW401
|
4.0
|
45.6
|
0.2
|
O3
|
B:SIW401
|
4.0
|
49.4
|
0.3
|
O15E
|
B:SIW401
|
4.0
|
44.5
|
0.2
|
O3E
|
B:SIW401
|
4.0
|
38.5
|
0.3
|
O20
|
B:SIW401
|
4.1
|
43.2
|
0.2
|
W6
|
B:SIW401
|
4.1
|
57.5
|
0.2
|
O3
|
B:SIW401
|
4.1
|
44.6
|
0.2
|
O9
|
B:SIW401
|
4.2
|
44.7
|
0.2
|
O23E
|
B:SIW401
|
4.2
|
43.8
|
0.2
|
O23
|
B:SIW401
|
4.2
|
45.1
|
0.2
|
W3
|
B:SIW401
|
4.2
|
60.7
|
0.2
|
O1
|
B:SIW401
|
4.2
|
46.9
|
0.2
|
O17
|
B:SIW401
|
4.3
|
44.9
|
0.2
|
O15
|
B:SIW401
|
4.5
|
46.4
|
0.2
|
O10E
|
B:SIW401
|
4.6
|
45.1
|
0.2
|
O6
|
B:SIW401
|
4.7
|
44.3
|
0.2
|
O12E
|
B:SIW401
|
4.9
|
47.0
|
0.2
|
O14E
|
B:SIW401
|
4.9
|
45.7
|
0.2
|
|
Reference:
L.Vandebroek,
H.Noguchi,
K.Kamata,
J.R.H.Tame,
T.N.Parac-Vogt,
A.R.D.Voet.
Shape and Size Complementarity Induced Formation of Supramolecular Protein Assemblies with Metal-Oxo Clusters Biorxiv 2020.
DOI: 10.1101/2020.11.18.388215
Page generated: Thu Dec 17 13:22:06 2020
|