Silicon in PDB 6y7o: The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)

The structure of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta), PDB code: 6y7o was solved by L.Vandebroek, H.Noguchi, T.N.Parac-Vogt, L.Van Meervelt, A.R.D.Voet, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å)	47.20 / 2.30
Space group	C 1 2 1
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)	94.554, 133.505, 81.753, 90.00, 125.27, 90.00
R / Rfree (%)	24.1 / 29.3

The structure of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) also contains other interesting chemical elements:

Tungsten

(W)

240 atoms

Pages:

>>> Page 1 <<< Page 2, Binding sites: 11 - 20;

Binding sites:

The binding sites of Silicon atom in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) (pdb code 6y7o). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
In total 20 binding sites of Silicon where determined in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta), PDB code: 6y7o:
Jump to Silicon binding site number: 1; 2; 3; 4; 5; 6; 7; 8; 9; 10;

Silicon binding site 1 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 1 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si401 b:42.2 occ:0.37 SI1 A:SIW401 0.0 42.2 0.4 SI1 A:SIW401 0.7 43.9 0.2 O22 A:SIW401 1.4 46.0 0.2 O19E A:SIW401 1.5 45.5 0.4 O4 A:SIW401 1.5 46.3 0.4 O21 A:SIW401 1.5 46.5 0.2 O19E A:SIW401 1.5 45.6 0.2 O22 A:SIW401 1.7 46.6 0.4 O21 A:SIW401 1.7 46.1 0.4 O4 A:SIW401 2.1 47.4 0.2 W5 A:SIW401 3.0 52.0 0.2 O2 A:SIW401 3.0 43.2 0.2 W4 A:SIW401 3.0 54.3 0.2 O18E A:SIW401 3.1 44.6 0.2 O20E A:SIW401 3.2 44.8 0.2 W1E A:SIW401 3.2 51.2 0.2 W3 A:SIW401 3.4 35.6 0.2 O23 A:SIW401 3.4 44.8 0.2 W2 A:SIW401 3.4 43.9 0.2 O16 A:SIW401 3.4 46.3 0.2 O15 A:SIW401 3.4 45.9 0.2 O1 A:SIW401 3.4 48.0 0.2 O9E A:SIW401 3.5 46.0 0.2 W7 A:SIW401 3.5 47.1 0.4 W1 A:SIW401 3.5 52.9 0.4 W5 A:SIW401 3.5 31.1 0.4 W1E A:SIW401 3.5 33.1 0.4 W2 A:SIW401 3.5 51.3 0.4 W4E A:SIW401 3.5 45.8 0.4 W4 A:SIW401 3.5 54.2 0.4 O18 A:SIW401 3.5 47.0 0.4 W5E A:SIW401 3.5 55.0 0.4 W2E A:SIW401 3.5 44.3 0.4 W6 A:SIW401 3.5 44.4 0.2 W3E A:SIW401 3.5 45.9 0.4 O9 A:SIW401 3.5 45.8 0.4 W6 A:SIW401 3.5 47.4 0.4 O18E A:SIW401 3.6 42.0 0.4 O9E A:SIW401 3.6 46.2 0.4 W3 A:SIW401 3.6 53.5 0.4 O3 A:SIW401 3.6 46.1 0.2 W7 A:SIW401 3.6 38.7 0.2 O17 A:SIW401 3.6 46.1 0.2 O16E A:SIW401 3.6 44.5 0.4 O16 A:SIW401 3.6 47.1 0.4 O20 A:SIW401 3.6 49.7 0.4 O2 A:SIW401 3.6 46.9 0.4 O20E A:SIW401 3.6 45.8 0.4 O8 A:SIW401 3.6 43.2 0.4 O2E A:SIW401 3.6 48.0 0.4 O17E A:SIW401 3.6 43.6 0.4 O8E A:SIW401 3.7 46.1 0.2 O17 A:SIW401 3.7 46.4 0.4 O8E A:SIW401 3.7 48.1 0.4 O23 A:SIW401 3.7 45.3 0.4 O17E A:SIW401 3.7 47.7 0.2 O9 A:SIW401 3.7 48.1 0.2 O23E A:SIW401 3.7 47.1 0.4 O1E A:SIW401 3.7 44.1 0.4 O1 A:SIW401 3.7 48.3 0.4 O7 A:SIW401 3.8 42.9 0.4 W3E A:SIW401 3.8 41.1 0.2 O8 A:SIW401 3.8 49.4 0.2 O7E A:SIW401 3.8 41.0 0.4 O7 A:SIW401 3.9 48.8 0.2 W2E A:SIW401 3.9 28.8 0.2 W1 A:SIW401 3.9 56.2 0.2 O16E A:SIW401 3.9 47.6 0.2 O15 A:SIW401 3.9 46.0 0.4 O15E A:SIW401 4.0 48.6 0.4 O3E A:SIW401 4.0 51.9 0.4 O18 A:SIW401 4.0 48.4 0.2 O3 A:SIW401 4.0 40.2 0.4 O7E A:SIW401 4.0 46.6 0.2 O23E A:SIW401 4.1 46.1 0.2 W4E A:SIW401 4.1 50.3 0.2 O1E A:SIW401 4.1 45.0 0.2 W5E A:SIW401 4.1 60.5 0.2 O20 A:SIW401 4.2 45.8 0.2 O2E A:SIW401 4.3 45.5 0.2 O15E A:SIW401 4.5 46.6 0.2 O3E A:SIW401 4.6 46.0 0.2 O13 A:SIW401 4.6 45.7 0.2 O14 A:SIW401 4.7 47.1 0.2 O12E A:SIW401 4.8 47.9 0.2 O11 A:SIW401 5.0 47.9 0.2

Silicon binding site 2 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 2 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si401 b:43.9 occ:0.22 SI1 A:SIW401 0.0 43.9 0.2 SI1 A:SIW401 0.7 42.2 0.4 O4 A:SIW401 1.2 46.3 0.4 O19E A:SIW401 1.5 45.6 0.2 O4 A:SIW401 1.5 47.4 0.2 O19E A:SIW401 1.6 45.5 0.4 O22 A:SIW401 1.7 46.0 0.2 O21 A:SIW401 1.7 46.5 0.2 O21 A:SIW401 1.8 46.1 0.4 O22 A:SIW401 2.3 46.6 0.4 W4E A:SIW401 2.9 45.8 0.4 O18 A:SIW401 3.0 47.0 0.4 O16E A:SIW401 3.0 44.5 0.4 W7 A:SIW401 3.1 47.1 0.4 O2E A:SIW401 3.2 48.0 0.4 W2E A:SIW401 3.2 44.3 0.4 W1 A:SIW401 3.3 52.9 0.4 W5E A:SIW401 3.4 55.0 0.4 O3E A:SIW401 3.4 51.9 0.4 O18 A:SIW401 3.5 48.4 0.2 W4E A:SIW401 3.5 50.3 0.2 O20 A:SIW401 3.5 49.7 0.4 O8 A:SIW401 3.5 43.2 0.4 W7 A:SIW401 3.5 38.7 0.2 O7E A:SIW401 3.5 41.0 0.4 W1 A:SIW401 3.5 56.2 0.2 O1E A:SIW401 3.5 44.1 0.4 W1E A:SIW401 3.5 51.2 0.2 W4 A:SIW401 3.5 54.3 0.2 W2 A:SIW401 3.5 43.9 0.2 O16E A:SIW401 3.5 47.6 0.2 O18E A:SIW401 3.5 44.6 0.2 W5 A:SIW401 3.5 52.0 0.2 W6 A:SIW401 3.5 44.4 0.2 W3 A:SIW401 3.5 35.6 0.2 O9E A:SIW401 3.5 46.0 0.2 W3E A:SIW401 3.6 41.1 0.2 O16 A:SIW401 3.6 47.1 0.4 O9 A:SIW401 3.6 48.1 0.2 O7 A:SIW401 3.6 42.9 0.4 W2 A:SIW401 3.6 51.3 0.4 W2E A:SIW401 3.6 28.8 0.2 W5E A:SIW401 3.6 60.5 0.2 W3E A:SIW401 3.6 45.9 0.4 O16 A:SIW401 3.6 46.3 0.2 O8 A:SIW401 3.6 49.4 0.2 O17E A:SIW401 3.6 47.7 0.2 O20E A:SIW401 3.6 44.8 0.2 O2 A:SIW401 3.6 43.2 0.2 O8E A:SIW401 3.7 48.1 0.4 O17 A:SIW401 3.7 46.1 0.2 O20 A:SIW401 3.7 45.8 0.2 O8E A:SIW401 3.7 46.1 0.2 O23 A:SIW401 3.7 44.8 0.2 O2E A:SIW401 3.7 45.5 0.2 O1 A:SIW401 3.7 48.0 0.2 O9 A:SIW401 3.7 45.8 0.4 O23E A:SIW401 3.8 46.1 0.2 O1E A:SIW401 3.8 45.0 0.2 O9E A:SIW401 3.8 46.2 0.4 O7 A:SIW401 3.8 48.8 0.2 W1E A:SIW401 3.8 33.1 0.4 O18E A:SIW401 3.8 42.0 0.4 O15E A:SIW401 3.8 48.6 0.4 W4 A:SIW401 3.8 54.2 0.4 O23E A:SIW401 3.9 47.1 0.4 O7E A:SIW401 3.9 46.6 0.2 O15 A:SIW401 3.9 45.9 0.2 O17E A:SIW401 4.0 43.6 0.4 W6 A:SIW401 4.0 47.4 0.4 W3 A:SIW401 4.0 53.5 0.4 O3 A:SIW401 4.0 46.1 0.2 O15E A:SIW401 4.0 46.6 0.2 O3E A:SIW401 4.1 46.0 0.2 O1 A:SIW401 4.1 48.3 0.4 O17 A:SIW401 4.1 46.4 0.4 W5 A:SIW401 4.2 31.1 0.4 O2 A:SIW401 4.2 46.9 0.4 O20E A:SIW401 4.2 45.8 0.4 O3 A:SIW401 4.3 40.2 0.4 O23 A:SIW401 4.3 45.3 0.4 O14E A:SIW401 4.5 49.1 0.4 O15 A:SIW401 4.5 46.0 0.4 O6 A:SIW401 4.8 47.2 0.4 O10E A:SIW401 4.9 46.8 0.4 O12 A:SIW401 4.9 51.3 0.4

Silicon binding site 3 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 3 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si402 b:34.6 occ:0.29 SI1 A:SIW402 0.0 34.6 0.3 SI1 A:SIW402 0.8 34.3 0.3 O19E A:SIW402 0.9 36.1 0.3 O19E A:SIW402 1.5 36.6 0.3 O4 A:SIW402 1.5 36.1 0.3 O21 A:SIW402 1.7 35.8 0.3 O22 A:SIW402 1.7 35.5 0.3 O21 A:SIW402 1.7 35.9 0.3 O22 A:SIW402 2.1 34.9 0.3 O4 A:SIW402 2.2 36.5 0.3 O13E A:SIW402 2.7 35.8 0.3 W1E A:SIW402 2.8 39.0 0.3 O18E A:SIW402 2.9 35.2 0.3 O8E A:SIW402 2.9 36.1 0.3 W2E A:SIW402 3.0 37.8 0.3 O9E A:SIW402 3.1 35.1 0.3 W4 A:SIW402 3.1 35.9 0.3 O16 A:SIW402 3.2 34.7 0.3 O20E A:SIW402 3.2 35.7 0.3 W7 A:SIW402 3.3 39.8 0.3 O7E A:SIW402 3.3 36.3 0.3 W3E A:SIW402 3.4 36.8 0.3 O1E A:SIW402 3.4 37.0 0.3 W7 A:SIW402 3.4 37.0 0.3 W4 A:SIW402 3.4 36.0 0.3 O18E A:SIW402 3.5 37.9 0.3 W2 A:SIW402 3.5 38.1 0.3 W5 A:SIW402 3.5 36.5 0.3 O2 A:SIW402 3.5 36.3 0.3 W4E A:SIW402 3.5 37.6 0.3 O16E A:SIW402 3.5 35.7 0.3 W5 A:SIW402 3.5 37.4 0.3 W1 A:SIW402 3.5 34.6 0.3 W1E A:SIW402 3.5 27.1 0.3 O18 A:SIW402 3.5 36.1 0.3 O16 A:SIW402 3.5 36.6 0.3 W3 A:SIW402 3.5 34.2 0.3 W2E A:SIW402 3.5 28.6 0.3 O2 A:SIW402 3.6 36.8 0.3 O9 A:SIW402 3.6 35.1 0.3 O9E A:SIW402 3.6 35.6 0.3 O8 A:SIW402 3.6 35.8 0.3 W6 A:SIW402 3.6 35.9 0.3 O20 A:SIW402 3.6 35.3 0.3 O20E A:SIW402 3.6 36.8 0.3 O1 A:SIW402 3.7 35.0 0.3 O16E A:SIW402 3.7 36.8 0.3 O8E A:SIW402 3.7 35.4 0.3 W5E A:SIW402 3.7 39.4 0.3 W3E A:SIW402 3.7 36.5 0.3 O17 A:SIW402 3.7 34.2 0.3 O23 A:SIW402 3.7 33.8 0.3 O17E A:SIW402 3.7 36.5 0.3 O7E A:SIW402 3.7 37.1 0.3 O7 A:SIW402 3.7 37.0 0.3 W4E A:SIW402 3.7 34.2 0.3 O2E A:SIW402 3.8 36.3 0.3 O17E A:SIW402 3.8 36.2 0.3 O23 A:SIW402 3.8 35.8 0.3 O3E A:SIW402 3.8 36.2 0.3 O1E A:SIW402 3.9 36.0 0.3 W2 A:SIW402 3.9 31.7 0.3 W6 A:SIW402 3.9 34.4 0.3 O15 A:SIW402 3.9 35.6 0.3 O3 A:SIW402 3.9 36.2 0.3 O23E A:SIW402 4.0 34.5 0.3 O7 A:SIW402 4.0 35.4 0.3 O3E A:SIW402 4.0 36.2 0.3 O3 A:SIW402 4.0 36.2 0.3 O2E A:SIW402 4.0 35.7 0.3 O18 A:SIW402 4.0 35.4 0.3 W5E A:SIW402 4.1 37.9 0.3 O15E A:SIW402 4.1 36.0 0.3 W3 A:SIW402 4.2 27.9 0.3 O15 A:SIW402 4.2 37.3 0.3 O1 A:SIW402 4.2 35.6 0.3 O17 A:SIW402 4.2 36.7 0.3 O15E A:SIW402 4.2 35.2 0.3 O8 A:SIW402 4.3 34.7 0.3 O23E A:SIW402 4.3 35.6 0.3 W1 A:SIW402 4.3 28.8 0.3 O9 A:SIW402 4.4 34.7 0.3 O20 A:SIW402 4.4 35.2 0.3 O12E A:SIW402 4.4 38.6 0.3 O10E A:SIW402 4.7 38.1 0.3 O14 A:SIW402 4.8 38.3 0.3 O6 A:SIW402 5.0 38.6 0.3 O11E A:SIW402 5.0 36.5 0.3

Silicon binding site 4 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 4 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si402 b:34.3 occ:0.28 SI1 A:SIW402 0.0 34.3 0.3 SI1 A:SIW402 0.8 34.6 0.3 O22 A:SIW402 1.1 35.5 0.3 O4 A:SIW402 1.4 36.1 0.3 O19E A:SIW402 1.5 36.1 0.3 O4 A:SIW402 1.5 36.5 0.3 O22 A:SIW402 1.7 34.9 0.3 O21 A:SIW402 1.7 35.9 0.3 O19E A:SIW402 2.0 36.6 0.3 O21 A:SIW402 2.1 35.8 0.3 O13E A:SIW402 2.4 35.8 0.3 W3 A:SIW402 2.9 34.2 0.3 O9 A:SIW402 2.9 35.1 0.3 O17 A:SIW402 2.9 34.2 0.3 W6 A:SIW402 3.0 35.9 0.3 O20 A:SIW402 3.1 35.3 0.3 W1 A:SIW402 3.1 34.6 0.3 W5 A:SIW402 3.3 37.4 0.3 O23 A:SIW402 3.3 33.8 0.3 O1 A:SIW402 3.3 35.0 0.3 O23E A:SIW402 3.4 34.5 0.3 W5E A:SIW402 3.4 39.4 0.3 O15 A:SIW402 3.4 35.6 0.3 O8 A:SIW402 3.5 35.8 0.3 O17E A:SIW402 3.5 36.2 0.3 W2 A:SIW402 3.5 38.1 0.3 O18 A:SIW402 3.5 35.4 0.3 W7 A:SIW402 3.5 39.8 0.3 W4E A:SIW402 3.5 34.2 0.3 W2 A:SIW402 3.5 31.7 0.3 W1 A:SIW402 3.5 28.8 0.3 W4 A:SIW402 3.5 35.9 0.3 W6 A:SIW402 3.5 34.4 0.3 W1E A:SIW402 3.5 39.0 0.3 W5 A:SIW402 3.5 36.5 0.3 O18E A:SIW402 3.5 35.2 0.3 W3 A:SIW402 3.5 27.9 0.3 W3E A:SIW402 3.5 36.8 0.3 O18 A:SIW402 3.6 36.1 0.3 W2E A:SIW402 3.6 37.8 0.3 O9E A:SIW402 3.6 35.1 0.3 W5E A:SIW402 3.6 37.9 0.3 O9 A:SIW402 3.6 34.7 0.3 O16E A:SIW402 3.6 36.8 0.3 O16 A:SIW402 3.6 34.7 0.3 O2 A:SIW402 3.6 36.8 0.3 O20E A:SIW402 3.6 35.7 0.3 O17 A:SIW402 3.6 36.7 0.3 O17E A:SIW402 3.7 36.5 0.3 O2 A:SIW402 3.7 36.3 0.3 O20 A:SIW402 3.7 35.2 0.3 O8 A:SIW402 3.7 34.7 0.3 O2E A:SIW402 3.7 35.7 0.3 O8E A:SIW402 3.7 36.1 0.3 O23 A:SIW402 3.7 35.8 0.3 O23E A:SIW402 3.7 35.6 0.3 O1 A:SIW402 3.7 35.6 0.3 O20E A:SIW402 3.7 36.8 0.3 O1E A:SIW402 3.7 37.0 0.3 O2E A:SIW402 3.8 36.3 0.3 W4E A:SIW402 3.8 37.6 0.3 O7 A:SIW402 3.8 35.4 0.3 W3E A:SIW402 3.8 36.5 0.3 O9E A:SIW402 3.8 35.6 0.3 O7E A:SIW402 3.9 36.3 0.3 W4 A:SIW402 3.9 36.0 0.3 O15 A:SIW402 3.9 37.3 0.3 O3 A:SIW402 4.0 36.2 0.3 O15E A:SIW402 4.0 36.0 0.3 W1E A:SIW402 4.0 27.1 0.3 O3E A:SIW402 4.0 36.2 0.3 O16E A:SIW402 4.0 35.7 0.3 O18E A:SIW402 4.0 37.9 0.3 W7 A:SIW402 4.1 37.0 0.3 O3 A:SIW402 4.1 36.2 0.3 O7 A:SIW402 4.1 37.0 0.3 O15E A:SIW402 4.2 35.2 0.3 O16 A:SIW402 4.2 36.6 0.3 W2E A:SIW402 4.2 28.6 0.3 O1E A:SIW402 4.3 36.0 0.3 O8E A:SIW402 4.4 35.4 0.3 O11 A:SIW402 4.5 37.0 0.3 O7E A:SIW402 4.5 37.1 0.3 O3E A:SIW402 4.5 36.2 0.3 O5 A:SIW402 4.6 37.9 0.3 O12 A:SIW402 4.7 37.5 0.3 O13 A:SIW402 5.0 36.7 0.3

Silicon binding site 5 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 5 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si403 b:65.0 occ:0.28 SI1 A:SIW403 0.0 65.0 0.3 O19E A:SIW403 1.5 65.0 0.3 O4 A:SIW403 1.5 65.0 0.3 O22 A:SIW403 1.7 65.0 0.3 O21 A:SIW403 1.7 65.0 0.3 W7 A:SIW403 3.4 65.0 0.3 O16 A:SIW403 3.4 65.0 0.3 W5E A:SIW403 3.5 65.0 0.3 W4 A:SIW403 3.5 65.0 0.3 W6 A:SIW403 3.5 65.0 0.3 W1 A:SIW403 3.5 65.0 0.3 O20 A:SIW403 3.5 65.0 0.3 W1E A:SIW403 3.5 65.0 0.3 W3E A:SIW403 3.5 65.0 0.3 O18E A:SIW403 3.5 65.0 0.3 W5 A:SIW403 3.6 65.0 0.3 W3 A:SIW403 3.6 65.0 0.3 W2 A:SIW403 3.6 65.0 0.3 O9 A:SIW403 3.6 65.0 0.3 W2E A:SIW403 3.6 65.0 0.3 O18 A:SIW403 3.6 65.0 0.3 O9E A:SIW403 3.6 65.0 0.3 O20E A:SIW403 3.6 65.0 0.3 W4E A:SIW403 3.6 65.0 0.3 O17E A:SIW403 3.6 65.0 0.3 O17 A:SIW403 3.6 65.0 0.3 O23E A:SIW403 3.7 65.0 0.3 O2E A:SIW403 3.7 65.0 0.3 O8E A:SIW403 3.7 65.0 0.3 O16E A:SIW403 3.7 65.0 0.3 O2 A:SIW403 3.7 65.0 0.3 O23 A:SIW403 3.7 65.0 0.3 O8 A:SIW403 3.7 65.0 0.3 O1 A:SIW403 3.8 65.0 0.3 O1E A:SIW403 3.8 65.0 0.3 O7 A:SIW403 3.8 65.0 0.3 O7E A:SIW403 3.9 65.0 0.3 O15E A:SIW403 3.9 65.0 0.3 O15 A:SIW403 4.0 65.0 0.3 O3 A:SIW403 4.0 65.0 0.3 O3E A:SIW403 4.0 65.0 0.3

Silicon binding site 6 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 6 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si404 b:65.0 occ:0.18 SI1 A:SIW404 0.0 65.0 0.2 O19E A:SIW404 1.5 65.0 0.2 O4 A:SIW404 1.5 65.0 0.2 O22 A:SIW404 1.7 65.0 0.2 O21 A:SIW404 1.7 65.0 0.2 W7 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 O18E A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W4 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W1 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W2 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W1E A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W5 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W6 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W3 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W4E A:SIW404 3.5 65.0 0.2 O18 A:SIW404 3.5 65.0 0.2 W2E A:SIW404 3.6 65.0 0.2 W5E A:SIW404 3.6 65.0 0.2 W3E A:SIW404 3.6 65.0 0.2 O9 A:SIW404 3.6 65.0 0.2 O9E A:SIW404 3.6 65.0 0.2 O16E A:SIW404 3.6 65.0 0.2 O16 A:SIW404 3.6 65.0 0.2 O2 A:SIW404 3.6 65.0 0.2 O20 A:SIW404 3.6 65.0 0.2 O20E A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O17E A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O8 A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O17 A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O8E A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O2E A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O23E A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O1 A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O23 A:SIW404 3.7 65.0 0.2 O1E A:SIW404 3.8 65.0 0.2 O7 A:SIW404 3.8 65.0 0.2 O7E A:SIW404 3.8 65.0 0.2 O15 A:SIW404 3.9 65.0 0.2 O15E A:SIW404 4.0 65.0 0.2 O3 A:SIW404 4.0 65.0 0.2 O3E A:SIW404 4.0 65.0 0.2

Silicon binding site 7 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 7 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si405 b:65.0 occ:0.27 SI1 A:SIW405 0.0 65.0 0.3 O19E A:SIW405 1.5 65.0 0.3 O4 A:SIW405 1.5 65.0 0.3 O22 A:SIW405 1.7 65.0 0.3 O21 A:SIW405 1.7 65.0 0.3 W7 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W1 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W4 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W2 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 O18E A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W6 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W1E A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W5 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W2E A:SIW405 3.5 65.0 0.3 O18 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W4E A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W3 A:SIW405 3.5 65.0 0.3 W5E A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O9 A:SIW405 3.6 65.0 0.3 W3E A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O9E A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O16E A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O16 A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O20 A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O20E A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O8 A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O2 A:SIW405 3.6 65.0 0.3 O17E A:SIW405 3.7 65.0 0.3 O17 A:SIW405 3.7 65.0 0.3 O8E A:SIW405 3.7 65.0 0.3 O23E A:SIW405 3.7 65.0 0.3 O23 A:SIW405 3.7 65.0 0.3 O2E A:SIW405 3.7 65.0 0.3 O1 A:SIW405 3.7 65.0 0.3 O1E A:SIW405 3.8 65.0 0.3 O7E A:SIW405 3.8 65.0 0.3 O7 A:SIW405 3.8 65.0 0.3 O15 A:SIW405 3.9 65.0 0.3 O15E A:SIW405 4.0 65.0 0.3 O3 A:SIW405 4.0 65.0 0.3 O3E A:SIW405 4.0 65.0 0.3

Silicon binding site 8 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 8 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si406 b:75.0 occ:0.15 SI1 A:SIW406 0.0 75.0 0.1 O19E A:SIW406 1.5 75.0 0.1 O4 A:SIW406 1.5 75.0 0.1 O22 A:SIW406 1.7 75.0 0.1 O21 A:SIW406 1.7 75.0 0.1 W7 A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W4 A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W2 A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W1 A:SIW406 3.5 75.0 0.1 O18E A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W1E A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W6 A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W5 A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W3 A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W2E A:SIW406 3.5 75.0 0.1 W4E A:SIW406 3.6 75.0 0.1 W5E A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O18 A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O9 A:SIW406 3.6 75.0 0.1 W3E A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O9E A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O16E A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O16 A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O20 A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O20E A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O2 A:SIW406 3.6 75.0 0.1 O17 A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O8 A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O17E A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O8E A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O23E A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O2E A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O23 A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O1 A:SIW406 3.7 75.0 0.1 O1E A:SIW406 3.8 75.0 0.1 O7 A:SIW406 3.8 75.0 0.1 O7E A:SIW406 3.8 75.0 0.1 O15 A:SIW406 3.9 75.0 0.1 O15E A:SIW406 4.0 75.0 0.1 O3 A:SIW406 4.0 75.0 0.1 O3E A:SIW406 4.0 75.0 0.1

Silicon binding site 9 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 9 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si407 b:65.0 occ:0.27 SI1 A:SIW407 0.0 65.0 0.3 O19E A:SIW407 1.5 65.0 0.3 O4 A:SIW407 1.5 65.0 0.3 O22 A:SIW407 1.7 65.0 0.3 O21 A:SIW407 1.7 65.0 0.3 W7 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W2 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W1 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W1E A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W4 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W6 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 O18E A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W5 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W4E A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W3 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 O18 A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W3E A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W5E A:SIW407 3.5 65.0 0.3 W2E A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O9 A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O9E A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O16E A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O16 A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O17E A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O20E A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O2 A:SIW407 3.6 65.0 0.3 O8 A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O20 A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O17 A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O8E A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O2E A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O23E A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O1 A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O23 A:SIW407 3.7 65.0 0.3 O1E A:SIW407 3.8 65.0 0.3 O7 A:SIW407 3.8 65.0 0.3 O7E A:SIW407 3.8 65.0 0.3 O15E A:SIW407 3.9 65.0 0.3 O15 A:SIW407 3.9 65.0 0.3 O3 A:SIW407 4.0 65.0 0.3 O3E A:SIW407 4.0 65.0 0.3

Silicon binding site 10 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 10 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ B:Si401 b:41.0 occ:0.35 SI1 B:SIW401 0.0 41.0 0.3 SI1 B:SIW401 0.7 42.5 0.2 O19E B:SIW401 1.2 44.3 0.2 O19E B:SIW401 1.5 43.9 0.3 O4 B:SIW401 1.5 44.1 0.3 O21 B:SIW401 1.7 45.5 0.2 O22 B:SIW401 1.7 44.9 0.3 O21 B:SIW401 1.7 46.7 0.3 O4 B:SIW401 1.7 43.9 0.2 O22 B:SIW401 2.3 47.0 0.2 W2E B:SIW401 2.9 53.9 0.2 W7 B:SIW401 3.0 53.2 0.2 O8E B:SIW401 3.1 45.3 0.2 O7E B:SIW401 3.1 41.7 0.2 O16 B:SIW401 3.2 45.0 0.2 O16E B:SIW401 3.2 40.9 0.2 O18E B:SIW401 3.2 48.1 0.2 W4E B:SIW401 3.3 55.5 0.2 W1E B:SIW401 3.3 38.2 0.2 O1E B:SIW401 3.4 42.3 0.2 W4 B:SIW401 3.4 39.0 0.2 O9E B:SIW401 3.5 45.1 0.2 O3E B:SIW401 3.5 43.2 0.2 W5E B:SIW401 3.5 34.6 0.3 W3E B:SIW401 3.5 41.7 0.2 W2 B:SIW401 3.5 62.3 0.3 W6 B:SIW401 3.5 35.3 0.3 W4 B:SIW401 3.5 49.0 0.3 W1 B:SIW401 3.5 45.4 0.3 O18E B:SIW401 3.5 42.4 0.3 W1E B:SIW401 3.5 47.8 0.3 W7 B:SIW401 3.5 40.2 0.3 W5 B:SIW401 3.5 45.1 0.3 W4E B:SIW401 3.5 37.1 0.3 O18 B:SIW401 3.5 43.7 0.3 W3 B:SIW401 3.6 53.7 0.3 W2E B:SIW401 3.6 41.8 0.3 O18 B:SIW401 3.6 44.4 0.2 W3E B:SIW401 3.6 55.4 0.3 O9 B:SIW401 3.6 43.1 0.3 O9E B:SIW401 3.6 38.4 0.3 O20 B:SIW401 3.6 43.6 0.3 O16 B:SIW401 3.6 48.5 0.3 O2E B:SIW401 3.6 43.8 0.2 O2 B:SIW401 3.6 43.9 0.3 O17 B:SIW401 3.7 43.1 0.3 O16E B:SIW401 3.7 48.9 0.3 O20E B:SIW401 3.7 44.8 0.3 O17E B:SIW401 3.7 44.8 0.3 O8 B:SIW401 3.7 48.7 0.3 O23E B:SIW401 3.7 46.8 0.3 O2E B:SIW401 3.7 45.3 0.3 O8E B:SIW401 3.7 40.2 0.3 O7 B:SIW401 3.7 44.0 0.2 O23 B:SIW401 3.7 45.9 0.3 O1 B:SIW401 3.7 46.0 0.3 O1E B:SIW401 3.7 46.0 0.3 W2 B:SIW401 3.7 36.2 0.2 O20E B:SIW401 3.8 48.2 0.2 O7 B:SIW401 3.8 47.9 0.3 W5E B:SIW401 3.8 34.1 0.2 W1 B:SIW401 3.9 27.6 0.2 O2 B:SIW401 3.9 48.7 0.2 O7E B:SIW401 3.9 41.8 0.3 O8 B:SIW401 3.9 44.4 0.2 W5 B:SIW401 3.9 67.7 0.2 O15 B:SIW401 3.9 45.8 0.3 O15E B:SIW401 4.0 42.2 0.3 O17E B:SIW401 4.0 45.6 0.2 O3 B:SIW401 4.0 49.4 0.3 O15E B:SIW401 4.0 44.5 0.2 O3E B:SIW401 4.0 38.5 0.3 O20 B:SIW401 4.1 43.2 0.2 W6 B:SIW401 4.1 57.5 0.2 O3 B:SIW401 4.1 44.6 0.2 O9 B:SIW401 4.2 44.7 0.2 O23E B:SIW401 4.2 43.8 0.2 O23 B:SIW401 4.2 45.1 0.2 W3 B:SIW401 4.2 60.7 0.2 O1 B:SIW401 4.2 46.9 0.2 O17 B:SIW401 4.3 44.9 0.2 O15 B:SIW401 4.5 46.4 0.2 O10E B:SIW401 4.6 45.1 0.2 O6 B:SIW401 4.7 44.3 0.2 O12E B:SIW401 4.9 47.0 0.2 O14E B:SIW401 4.9 45.7 0.2

L.Vandebroek, H.Noguchi, K.Kamata, J.R.H.Tame, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet. Shape and Size Complementarity Induced Formation of Supramolecular Protein Assemblies with Metal-Oxo Clusters Biorxiv 2020.
DOI: 10.1101/2020.11.18.388215