Atomistry » Silicon » PDB 1fuq-7ckg » 6y7o
Atomistry »
  Silicon »
    PDB 1fuq-7ckg »
      6y7o »

Silicon in PDB 6y7o: The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)

Protein crystallography data

The structure of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta), PDB code: 6y7o was solved by L.Vandebroek, H.Noguchi, T.N.Parac-Vogt, L.Van Meervelt, A.R.D.Voet, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å) 47.20 / 2.30
Space group C 1 2 1
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°) 94.554, 133.505, 81.753, 90.00, 125.27, 90.00
R / Rfree (%) 24.1 / 29.3

Other elements in 6y7o:

The structure of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) also contains other interesting chemical elements:

Tungsten (W) 240 atoms

Silicon Binding Sites:

Pages:

>>> Page 1 <<< Page 2, Binding sites: 11 - 20;

Binding sites:

The binding sites of Silicon atom in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) (pdb code 6y7o). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
In total 20 binding sites of Silicon where determined in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta), PDB code: 6y7o:
Jump to Silicon binding site number: 1; 2; 3; 4; 5; 6; 7; 8; 9; 10;

Silicon binding site 1 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 1 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 1 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si401

b:42.2
occ:0.37
SI1 A:SIW401 0.0 42.2 0.4
SI1 A:SIW401 0.7 43.9 0.2
O22 A:SIW401 1.4 46.0 0.2
O19E A:SIW401 1.5 45.5 0.4
O4 A:SIW401 1.5 46.3 0.4
O21 A:SIW401 1.5 46.5 0.2
O19E A:SIW401 1.5 45.6 0.2
O22 A:SIW401 1.7 46.6 0.4
O21 A:SIW401 1.7 46.1 0.4
O4 A:SIW401 2.1 47.4 0.2
W5 A:SIW401 3.0 52.0 0.2
O2 A:SIW401 3.0 43.2 0.2
W4 A:SIW401 3.0 54.3 0.2
O18E A:SIW401 3.1 44.6 0.2
O20E A:SIW401 3.2 44.8 0.2
W1E A:SIW401 3.2 51.2 0.2
W3 A:SIW401 3.4 35.6 0.2
O23 A:SIW401 3.4 44.8 0.2
W2 A:SIW401 3.4 43.9 0.2
O16 A:SIW401 3.4 46.3 0.2
O15 A:SIW401 3.4 45.9 0.2
O1 A:SIW401 3.4 48.0 0.2
O9E A:SIW401 3.5 46.0 0.2
W7 A:SIW401 3.5 47.1 0.4
W1 A:SIW401 3.5 52.9 0.4
W5 A:SIW401 3.5 31.1 0.4
W1E A:SIW401 3.5 33.1 0.4
W2 A:SIW401 3.5 51.3 0.4
W4E A:SIW401 3.5 45.8 0.4
W4 A:SIW401 3.5 54.2 0.4
O18 A:SIW401 3.5 47.0 0.4
W5E A:SIW401 3.5 55.0 0.4
W2E A:SIW401 3.5 44.3 0.4
W6 A:SIW401 3.5 44.4 0.2
W3E A:SIW401 3.5 45.9 0.4
O9 A:SIW401 3.5 45.8 0.4
W6 A:SIW401 3.5 47.4 0.4
O18E A:SIW401 3.6 42.0 0.4
O9E A:SIW401 3.6 46.2 0.4
W3 A:SIW401 3.6 53.5 0.4
O3 A:SIW401 3.6 46.1 0.2
W7 A:SIW401 3.6 38.7 0.2
O17 A:SIW401 3.6 46.1 0.2
O16E A:SIW401 3.6 44.5 0.4
O16 A:SIW401 3.6 47.1 0.4
O20 A:SIW401 3.6 49.7 0.4
O2 A:SIW401 3.6 46.9 0.4
O20E A:SIW401 3.6 45.8 0.4
O8 A:SIW401 3.6 43.2 0.4
O2E A:SIW401 3.6 48.0 0.4
O17E A:SIW401 3.6 43.6 0.4
O8E A:SIW401 3.7 46.1 0.2
O17 A:SIW401 3.7 46.4 0.4
O8E A:SIW401 3.7 48.1 0.4
O23 A:SIW401 3.7 45.3 0.4
O17E A:SIW401 3.7 47.7 0.2
O9 A:SIW401 3.7 48.1 0.2
O23E A:SIW401 3.7 47.1 0.4
O1E A:SIW401 3.7 44.1 0.4
O1 A:SIW401 3.7 48.3 0.4
O7 A:SIW401 3.8 42.9 0.4
W3E A:SIW401 3.8 41.1 0.2
O8 A:SIW401 3.8 49.4 0.2
O7E A:SIW401 3.8 41.0 0.4
O7 A:SIW401 3.9 48.8 0.2
W2E A:SIW401 3.9 28.8 0.2
W1 A:SIW401 3.9 56.2 0.2
O16E A:SIW401 3.9 47.6 0.2
O15 A:SIW401 3.9 46.0 0.4
O15E A:SIW401 4.0 48.6 0.4
O3E A:SIW401 4.0 51.9 0.4
O18 A:SIW401 4.0 48.4 0.2
O3 A:SIW401 4.0 40.2 0.4
O7E A:SIW401 4.0 46.6 0.2
O23E A:SIW401 4.1 46.1 0.2
W4E A:SIW401 4.1 50.3 0.2
O1E A:SIW401 4.1 45.0 0.2
W5E A:SIW401 4.1 60.5 0.2
O20 A:SIW401 4.2 45.8 0.2
O2E A:SIW401 4.3 45.5 0.2
O15E A:SIW401 4.5 46.6 0.2
O3E A:SIW401 4.6 46.0 0.2
O13 A:SIW401 4.6 45.7 0.2
O14 A:SIW401 4.7 47.1 0.2
O12E A:SIW401 4.8 47.9 0.2
O11 A:SIW401 5.0 47.9 0.2

Silicon binding site 2 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 2 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 2 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si401

b:43.9
occ:0.22
SI1 A:SIW401 0.0 43.9 0.2
SI1 A:SIW401 0.7 42.2 0.4
O4 A:SIW401 1.2 46.3 0.4
O19E A:SIW401 1.5 45.6 0.2
O4 A:SIW401 1.5 47.4 0.2
O19E A:SIW401 1.6 45.5 0.4
O22 A:SIW401 1.7 46.0 0.2
O21 A:SIW401 1.7 46.5 0.2
O21 A:SIW401 1.8 46.1 0.4
O22 A:SIW401 2.3 46.6 0.4
W4E A:SIW401 2.9 45.8 0.4
O18 A:SIW401 3.0 47.0 0.4
O16E A:SIW401 3.0 44.5 0.4
W7 A:SIW401 3.1 47.1 0.4
O2E A:SIW401 3.2 48.0 0.4
W2E A:SIW401 3.2 44.3 0.4
W1 A:SIW401 3.3 52.9 0.4
W5E A:SIW401 3.4 55.0 0.4
O3E A:SIW401 3.4 51.9 0.4
O18 A:SIW401 3.5 48.4 0.2
W4E A:SIW401 3.5 50.3 0.2
O20 A:SIW401 3.5 49.7 0.4
O8 A:SIW401 3.5 43.2 0.4
W7 A:SIW401 3.5 38.7 0.2
O7E A:SIW401 3.5 41.0 0.4
W1 A:SIW401 3.5 56.2 0.2
O1E A:SIW401 3.5 44.1 0.4
W1E A:SIW401 3.5 51.2 0.2
W4 A:SIW401 3.5 54.3 0.2
W2 A:SIW401 3.5 43.9 0.2
O16E A:SIW401 3.5 47.6 0.2
O18E A:SIW401 3.5 44.6 0.2
W5 A:SIW401 3.5 52.0 0.2
W6 A:SIW401 3.5 44.4 0.2
W3 A:SIW401 3.5 35.6 0.2
O9E A:SIW401 3.5 46.0 0.2
W3E A:SIW401 3.6 41.1 0.2
O16 A:SIW401 3.6 47.1 0.4
O9 A:SIW401 3.6 48.1 0.2
O7 A:SIW401 3.6 42.9 0.4
W2 A:SIW401 3.6 51.3 0.4
W2E A:SIW401 3.6 28.8 0.2
W5E A:SIW401 3.6 60.5 0.2
W3E A:SIW401 3.6 45.9 0.4
O16 A:SIW401 3.6 46.3 0.2
O8 A:SIW401 3.6 49.4 0.2
O17E A:SIW401 3.6 47.7 0.2
O20E A:SIW401 3.6 44.8 0.2
O2 A:SIW401 3.6 43.2 0.2
O8E A:SIW401 3.7 48.1 0.4
O17 A:SIW401 3.7 46.1 0.2
O20 A:SIW401 3.7 45.8 0.2
O8E A:SIW401 3.7 46.1 0.2
O23 A:SIW401 3.7 44.8 0.2
O2E A:SIW401 3.7 45.5 0.2
O1 A:SIW401 3.7 48.0 0.2
O9 A:SIW401 3.7 45.8 0.4
O23E A:SIW401 3.8 46.1 0.2
O1E A:SIW401 3.8 45.0 0.2
O9E A:SIW401 3.8 46.2 0.4
O7 A:SIW401 3.8 48.8 0.2
W1E A:SIW401 3.8 33.1 0.4
O18E A:SIW401 3.8 42.0 0.4
O15E A:SIW401 3.8 48.6 0.4
W4 A:SIW401 3.8 54.2 0.4
O23E A:SIW401 3.9 47.1 0.4
O7E A:SIW401 3.9 46.6 0.2
O15 A:SIW401 3.9 45.9 0.2
O17E A:SIW401 4.0 43.6 0.4
W6 A:SIW401 4.0 47.4 0.4
W3 A:SIW401 4.0 53.5 0.4
O3 A:SIW401 4.0 46.1 0.2
O15E A:SIW401 4.0 46.6 0.2
O3E A:SIW401 4.1 46.0 0.2
O1 A:SIW401 4.1 48.3 0.4
O17 A:SIW401 4.1 46.4 0.4
W5 A:SIW401 4.2 31.1 0.4
O2 A:SIW401 4.2 46.9 0.4
O20E A:SIW401 4.2 45.8 0.4
O3 A:SIW401 4.3 40.2 0.4
O23 A:SIW401 4.3 45.3 0.4
O14E A:SIW401 4.5 49.1 0.4
O15 A:SIW401 4.5 46.0 0.4
O6 A:SIW401 4.8 47.2 0.4
O10E A:SIW401 4.9 46.8 0.4
O12 A:SIW401 4.9 51.3 0.4

Silicon binding site 3 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 3 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 3 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si402

b:34.6
occ:0.29
SI1 A:SIW402 0.0 34.6 0.3
SI1 A:SIW402 0.8 34.3 0.3
O19E A:SIW402 0.9 36.1 0.3
O19E A:SIW402 1.5 36.6 0.3
O4 A:SIW402 1.5 36.1 0.3
O21 A:SIW402 1.7 35.8 0.3
O22 A:SIW402 1.7 35.5 0.3
O21 A:SIW402 1.7 35.9 0.3
O22 A:SIW402 2.1 34.9 0.3
O4 A:SIW402 2.2 36.5 0.3
O13E A:SIW402 2.7 35.8 0.3
W1E A:SIW402 2.8 39.0 0.3
O18E A:SIW402 2.9 35.2 0.3
O8E A:SIW402 2.9 36.1 0.3
W2E A:SIW402 3.0 37.8 0.3
O9E A:SIW402 3.1 35.1 0.3
W4 A:SIW402 3.1 35.9 0.3
O16 A:SIW402 3.2 34.7 0.3
O20E A:SIW402 3.2 35.7 0.3
W7 A:SIW402 3.3 39.8 0.3
O7E A:SIW402 3.3 36.3 0.3
W3E A:SIW402 3.4 36.8 0.3
O1E A:SIW402 3.4 37.0 0.3
W7 A:SIW402 3.4 37.0 0.3
W4 A:SIW402 3.4 36.0 0.3
O18E A:SIW402 3.5 37.9 0.3
W2 A:SIW402 3.5 38.1 0.3
W5 A:SIW402 3.5 36.5 0.3
O2 A:SIW402 3.5 36.3 0.3
W4E A:SIW402 3.5 37.6 0.3
O16E A:SIW402 3.5 35.7 0.3
W5 A:SIW402 3.5 37.4 0.3
W1 A:SIW402 3.5 34.6 0.3
W1E A:SIW402 3.5 27.1 0.3
O18 A:SIW402 3.5 36.1 0.3
O16 A:SIW402 3.5 36.6 0.3
W3 A:SIW402 3.5 34.2 0.3
W2E A:SIW402 3.5 28.6 0.3
O2 A:SIW402 3.6 36.8 0.3
O9 A:SIW402 3.6 35.1 0.3
O9E A:SIW402 3.6 35.6 0.3
O8 A:SIW402 3.6 35.8 0.3
W6 A:SIW402 3.6 35.9 0.3
O20 A:SIW402 3.6 35.3 0.3
O20E A:SIW402 3.6 36.8 0.3
O1 A:SIW402 3.7 35.0 0.3
O16E A:SIW402 3.7 36.8 0.3
O8E A:SIW402 3.7 35.4 0.3
W5E A:SIW402 3.7 39.4 0.3
W3E A:SIW402 3.7 36.5 0.3
O17 A:SIW402 3.7 34.2 0.3
O23 A:SIW402 3.7 33.8 0.3
O17E A:SIW402 3.7 36.5 0.3
O7E A:SIW402 3.7 37.1 0.3
O7 A:SIW402 3.7 37.0 0.3
W4E A:SIW402 3.7 34.2 0.3
O2E A:SIW402 3.8 36.3 0.3
O17E A:SIW402 3.8 36.2 0.3
O23 A:SIW402 3.8 35.8 0.3
O3E A:SIW402 3.8 36.2 0.3
O1E A:SIW402 3.9 36.0 0.3
W2 A:SIW402 3.9 31.7 0.3
W6 A:SIW402 3.9 34.4 0.3
O15 A:SIW402 3.9 35.6 0.3
O3 A:SIW402 3.9 36.2 0.3
O23E A:SIW402 4.0 34.5 0.3
O7 A:SIW402 4.0 35.4 0.3
O3E A:SIW402 4.0 36.2 0.3
O3 A:SIW402 4.0 36.2 0.3
O2E A:SIW402 4.0 35.7 0.3
O18 A:SIW402 4.0 35.4 0.3
W5E A:SIW402 4.1 37.9 0.3
O15E A:SIW402 4.1 36.0 0.3
W3 A:SIW402 4.2 27.9 0.3
O15 A:SIW402 4.2 37.3 0.3
O1 A:SIW402 4.2 35.6 0.3
O17 A:SIW402 4.2 36.7 0.3
O15E A:SIW402 4.2 35.2 0.3
O8 A:SIW402 4.3 34.7 0.3
O23E A:SIW402 4.3 35.6 0.3
W1 A:SIW402 4.3 28.8 0.3
O9 A:SIW402 4.4 34.7 0.3
O20 A:SIW402 4.4 35.2 0.3
O12E A:SIW402 4.4 38.6 0.3
O10E A:SIW402 4.7 38.1 0.3
O14 A:SIW402 4.8 38.3 0.3
O6 A:SIW402 5.0 38.6 0.3
O11E A:SIW402 5.0 36.5 0.3

Silicon binding site 4 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 4 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 4 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si402

b:34.3
occ:0.28
SI1 A:SIW402 0.0 34.3 0.3
SI1 A:SIW402 0.8 34.6 0.3
O22 A:SIW402 1.1 35.5 0.3
O4 A:SIW402 1.4 36.1 0.3
O19E A:SIW402 1.5 36.1 0.3
O4 A:SIW402 1.5 36.5 0.3
O22 A:SIW402 1.7 34.9 0.3
O21 A:SIW402 1.7 35.9 0.3
O19E A:SIW402 2.0 36.6 0.3
O21 A:SIW402 2.1 35.8 0.3
O13E A:SIW402 2.4 35.8 0.3
W3 A:SIW402 2.9 34.2 0.3
O9 A:SIW402 2.9 35.1 0.3
O17 A:SIW402 2.9 34.2 0.3
W6 A:SIW402 3.0 35.9 0.3
O20 A:SIW402 3.1 35.3 0.3
W1 A:SIW402 3.1 34.6 0.3
W5 A:SIW402 3.3 37.4 0.3
O23 A:SIW402 3.3 33.8 0.3
O1 A:SIW402 3.3 35.0 0.3
O23E A:SIW402 3.4 34.5 0.3
W5E A:SIW402 3.4 39.4 0.3
O15 A:SIW402 3.4 35.6 0.3
O8 A:SIW402 3.5 35.8 0.3
O17E A:SIW402 3.5 36.2 0.3
W2 A:SIW402 3.5 38.1 0.3
O18 A:SIW402 3.5 35.4 0.3
W7 A:SIW402 3.5 39.8 0.3
W4E A:SIW402 3.5 34.2 0.3
W2 A:SIW402 3.5 31.7 0.3
W1 A:SIW402 3.5 28.8 0.3
W4 A:SIW402 3.5 35.9 0.3
W6 A:SIW402 3.5 34.4 0.3
W1E A:SIW402 3.5 39.0 0.3
W5 A:SIW402 3.5 36.5 0.3
O18E A:SIW402 3.5 35.2 0.3
W3 A:SIW402 3.5 27.9 0.3
W3E A:SIW402 3.5 36.8 0.3
O18 A:SIW402 3.6 36.1 0.3
W2E A:SIW402 3.6 37.8 0.3
O9E A:SIW402 3.6 35.1 0.3
W5E A:SIW402 3.6 37.9 0.3
O9 A:SIW402 3.6 34.7 0.3
O16E A:SIW402 3.6 36.8 0.3
O16 A:SIW402 3.6 34.7 0.3
O2 A:SIW402 3.6 36.8 0.3
O20E A:SIW402 3.6 35.7 0.3
O17 A:SIW402 3.6 36.7 0.3
O17E A:SIW402 3.7 36.5 0.3
O2 A:SIW402 3.7 36.3 0.3
O20 A:SIW402 3.7 35.2 0.3
O8 A:SIW402 3.7 34.7 0.3
O2E A:SIW402 3.7 35.7 0.3
O8E A:SIW402 3.7 36.1 0.3
O23 A:SIW402 3.7 35.8 0.3
O23E A:SIW402 3.7 35.6 0.3
O1 A:SIW402 3.7 35.6 0.3
O20E A:SIW402 3.7 36.8 0.3
O1E A:SIW402 3.7 37.0 0.3
O2E A:SIW402 3.8 36.3 0.3
W4E A:SIW402 3.8 37.6 0.3
O7 A:SIW402 3.8 35.4 0.3
W3E A:SIW402 3.8 36.5 0.3
O9E A:SIW402 3.8 35.6 0.3
O7E A:SIW402 3.9 36.3 0.3
W4 A:SIW402 3.9 36.0 0.3
O15 A:SIW402 3.9 37.3 0.3
O3 A:SIW402 4.0 36.2 0.3
O15E A:SIW402 4.0 36.0 0.3
W1E A:SIW402 4.0 27.1 0.3
O3E A:SIW402 4.0 36.2 0.3
O16E A:SIW402 4.0 35.7 0.3
O18E A:SIW402 4.0 37.9 0.3
W7 A:SIW402 4.1 37.0 0.3
O3 A:SIW402 4.1 36.2 0.3
O7 A:SIW402 4.1 37.0 0.3
O15E A:SIW402 4.2 35.2 0.3
O16 A:SIW402 4.2 36.6 0.3
W2E A:SIW402 4.2 28.6 0.3
O1E A:SIW402 4.3 36.0 0.3
O8E A:SIW402 4.4 35.4 0.3
O11 A:SIW402 4.5 37.0 0.3
O7E A:SIW402 4.5 37.1 0.3
O3E A:SIW402 4.5 36.2 0.3
O5 A:SIW402 4.6 37.9 0.3
O12 A:SIW402 4.7 37.5 0.3
O13 A:SIW402 5.0 36.7 0.3

Silicon binding site 5 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 5 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 5 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si403

b:65.0
occ:0.28
SI1 A:SIW403 0.0 65.0 0.3
O19E A:SIW403 1.5 65.0 0.3
O4 A:SIW403 1.5 65.0 0.3
O22 A:SIW403 1.7 65.0 0.3
O21 A:SIW403 1.7 65.0 0.3
W7 A:SIW403 3.4 65.0 0.3
O16 A:SIW403 3.4 65.0 0.3
W5E A:SIW403 3.5 65.0 0.3
W4 A:SIW403 3.5 65.0 0.3
W6 A:SIW403 3.5 65.0 0.3
W1 A:SIW403 3.5 65.0 0.3
O20 A:SIW403 3.5 65.0 0.3
W1E A:SIW403 3.5 65.0 0.3
W3E A:SIW403 3.5 65.0 0.3
O18E A:SIW403 3.5 65.0 0.3
W5 A:SIW403 3.6 65.0 0.3
W3 A:SIW403 3.6 65.0 0.3
W2 A:SIW403 3.6 65.0 0.3
O9 A:SIW403 3.6 65.0 0.3
W2E A:SIW403 3.6 65.0 0.3
O18 A:SIW403 3.6 65.0 0.3
O9E A:SIW403 3.6 65.0 0.3
O20E A:SIW403 3.6 65.0 0.3
W4E A:SIW403 3.6 65.0 0.3
O17E A:SIW403 3.6 65.0 0.3
O17 A:SIW403 3.6 65.0 0.3
O23E A:SIW403 3.7 65.0 0.3
O2E A:SIW403 3.7 65.0 0.3
O8E A:SIW403 3.7 65.0 0.3
O16E A:SIW403 3.7 65.0 0.3
O2 A:SIW403 3.7 65.0 0.3
O23 A:SIW403 3.7 65.0 0.3
O8 A:SIW403 3.7 65.0 0.3
O1 A:SIW403 3.8 65.0 0.3
O1E A:SIW403 3.8 65.0 0.3
O7 A:SIW403 3.8 65.0 0.3
O7E A:SIW403 3.9 65.0 0.3
O15E A:SIW403 3.9 65.0 0.3
O15 A:SIW403 4.0 65.0 0.3
O3 A:SIW403 4.0 65.0 0.3
O3E A:SIW403 4.0 65.0 0.3

Silicon binding site 6 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 6 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 6 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si404

b:65.0
occ:0.18
SI1 A:SIW404 0.0 65.0 0.2
O19E A:SIW404 1.5 65.0 0.2
O4 A:SIW404 1.5 65.0 0.2
O22 A:SIW404 1.7 65.0 0.2
O21 A:SIW404 1.7 65.0 0.2
W7 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
O18E A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W4 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W1 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W2 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W1E A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W5 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W6 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W3 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W4E A:SIW404 3.5 65.0 0.2
O18 A:SIW404 3.5 65.0 0.2
W2E A:SIW404 3.6 65.0 0.2
W5E A:SIW404 3.6 65.0 0.2
W3E A:SIW404 3.6 65.0 0.2
O9 A:SIW404 3.6 65.0 0.2
O9E A:SIW404 3.6 65.0 0.2
O16E A:SIW404 3.6 65.0 0.2
O16 A:SIW404 3.6 65.0 0.2
O2 A:SIW404 3.6 65.0 0.2
O20 A:SIW404 3.6 65.0 0.2
O20E A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O17E A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O8 A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O17 A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O8E A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O2E A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O23E A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O1 A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O23 A:SIW404 3.7 65.0 0.2
O1E A:SIW404 3.8 65.0 0.2
O7 A:SIW404 3.8 65.0 0.2
O7E A:SIW404 3.8 65.0 0.2
O15 A:SIW404 3.9 65.0 0.2
O15E A:SIW404 4.0 65.0 0.2
O3 A:SIW404 4.0 65.0 0.2
O3E A:SIW404 4.0 65.0 0.2

Silicon binding site 7 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 7 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 7 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si405

b:65.0
occ:0.27
SI1 A:SIW405 0.0 65.0 0.3
O19E A:SIW405 1.5 65.0 0.3
O4 A:SIW405 1.5 65.0 0.3
O22 A:SIW405 1.7 65.0 0.3
O21 A:SIW405 1.7 65.0 0.3
W7 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W1 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W4 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W2 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
O18E A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W6 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W1E A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W5 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W2E A:SIW405 3.5 65.0 0.3
O18 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W4E A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W3 A:SIW405 3.5 65.0 0.3
W5E A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O9 A:SIW405 3.6 65.0 0.3
W3E A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O9E A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O16E A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O16 A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O20 A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O20E A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O8 A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O2 A:SIW405 3.6 65.0 0.3
O17E A:SIW405 3.7 65.0 0.3
O17 A:SIW405 3.7 65.0 0.3
O8E A:SIW405 3.7 65.0 0.3
O23E A:SIW405 3.7 65.0 0.3
O23 A:SIW405 3.7 65.0 0.3
O2E A:SIW405 3.7 65.0 0.3
O1 A:SIW405 3.7 65.0 0.3
O1E A:SIW405 3.8 65.0 0.3
O7E A:SIW405 3.8 65.0 0.3
O7 A:SIW405 3.8 65.0 0.3
O15 A:SIW405 3.9 65.0 0.3
O15E A:SIW405 4.0 65.0 0.3
O3 A:SIW405 4.0 65.0 0.3
O3E A:SIW405 4.0 65.0 0.3

Silicon binding site 8 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 8 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 8 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si406

b:75.0
occ:0.15
SI1 A:SIW406 0.0 75.0 0.1
O19E A:SIW406 1.5 75.0 0.1
O4 A:SIW406 1.5 75.0 0.1
O22 A:SIW406 1.7 75.0 0.1
O21 A:SIW406 1.7 75.0 0.1
W7 A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W4 A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W2 A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W1 A:SIW406 3.5 75.0 0.1
O18E A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W1E A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W6 A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W5 A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W3 A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W2E A:SIW406 3.5 75.0 0.1
W4E A:SIW406 3.6 75.0 0.1
W5E A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O18 A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O9 A:SIW406 3.6 75.0 0.1
W3E A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O9E A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O16E A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O16 A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O20 A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O20E A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O2 A:SIW406 3.6 75.0 0.1
O17 A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O8 A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O17E A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O8E A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O23E A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O2E A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O23 A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O1 A:SIW406 3.7 75.0 0.1
O1E A:SIW406 3.8 75.0 0.1
O7 A:SIW406 3.8 75.0 0.1
O7E A:SIW406 3.8 75.0 0.1
O15 A:SIW406 3.9 75.0 0.1
O15E A:SIW406 4.0 75.0 0.1
O3 A:SIW406 4.0 75.0 0.1
O3E A:SIW406 4.0 75.0 0.1

Silicon binding site 9 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 9 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 9 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si407

b:65.0
occ:0.27
SI1 A:SIW407 0.0 65.0 0.3
O19E A:SIW407 1.5 65.0 0.3
O4 A:SIW407 1.5 65.0 0.3
O22 A:SIW407 1.7 65.0 0.3
O21 A:SIW407 1.7 65.0 0.3
W7 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W2 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W1 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W1E A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W4 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W6 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
O18E A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W5 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W4E A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W3 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
O18 A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W3E A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W5E A:SIW407 3.5 65.0 0.3
W2E A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O9 A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O9E A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O16E A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O16 A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O17E A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O20E A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O2 A:SIW407 3.6 65.0 0.3
O8 A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O20 A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O17 A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O8E A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O2E A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O23E A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O1 A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O23 A:SIW407 3.7 65.0 0.3
O1E A:SIW407 3.8 65.0 0.3
O7 A:SIW407 3.8 65.0 0.3
O7E A:SIW407 3.8 65.0 0.3
O15E A:SIW407 3.9 65.0 0.3
O15 A:SIW407 3.9 65.0 0.3
O3 A:SIW407 4.0 65.0 0.3
O3E A:SIW407 4.0 65.0 0.3

Silicon binding site 10 out of 20 in 6y7o

Go back to Silicon Binding Sites List in 6y7o
Silicon binding site 10 out of 20 in the The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 10 of The Complex Between the Eight-Bladed Symmetrical Designer Protein TAKO8 and the Silicotungstic Acid Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
B:Si401

b:41.0
occ:0.35
SI1 B:SIW401 0.0 41.0 0.3
SI1 B:SIW401 0.7 42.5 0.2
O19E B:SIW401 1.2 44.3 0.2
O19E B:SIW401 1.5 43.9 0.3
O4 B:SIW401 1.5 44.1 0.3
O21 B:SIW401 1.7 45.5 0.2
O22 B:SIW401 1.7 44.9 0.3
O21 B:SIW401 1.7 46.7 0.3
O4 B:SIW401 1.7 43.9 0.2
O22 B:SIW401 2.3 47.0 0.2
W2E B:SIW401 2.9 53.9 0.2
W7 B:SIW401 3.0 53.2 0.2
O8E B:SIW401 3.1 45.3 0.2
O7E B:SIW401 3.1 41.7 0.2
O16 B:SIW401 3.2 45.0 0.2
O16E B:SIW401 3.2 40.9 0.2
O18E B:SIW401 3.2 48.1 0.2
W4E B:SIW401 3.3 55.5 0.2
W1E B:SIW401 3.3 38.2 0.2
O1E B:SIW401 3.4 42.3 0.2
W4 B:SIW401 3.4 39.0 0.2
O9E B:SIW401 3.5 45.1 0.2
O3E B:SIW401 3.5 43.2 0.2
W5E B:SIW401 3.5 34.6 0.3
W3E B:SIW401 3.5 41.7 0.2
W2 B:SIW401 3.5 62.3 0.3
W6 B:SIW401 3.5 35.3 0.3
W4 B:SIW401 3.5 49.0 0.3
W1 B:SIW401 3.5 45.4 0.3
O18E B:SIW401 3.5 42.4 0.3
W1E B:SIW401 3.5 47.8 0.3
W7 B:SIW401 3.5 40.2 0.3
W5 B:SIW401 3.5 45.1 0.3
W4E B:SIW401 3.5 37.1 0.3
O18 B:SIW401 3.5 43.7 0.3
W3 B:SIW401 3.6 53.7 0.3
W2E B:SIW401 3.6 41.8 0.3
O18 B:SIW401 3.6 44.4 0.2
W3E B:SIW401 3.6 55.4 0.3
O9 B:SIW401 3.6 43.1 0.3
O9E B:SIW401 3.6 38.4 0.3
O20 B:SIW401 3.6 43.6 0.3
O16 B:SIW401 3.6 48.5 0.3
O2E B:SIW401 3.6 43.8 0.2
O2 B:SIW401 3.6 43.9 0.3
O17 B:SIW401 3.7 43.1 0.3
O16E B:SIW401 3.7 48.9 0.3
O20E B:SIW401 3.7 44.8 0.3
O17E B:SIW401 3.7 44.8 0.3
O8 B:SIW401 3.7 48.7 0.3
O23E B:SIW401 3.7 46.8 0.3
O2E B:SIW401 3.7 45.3 0.3
O8E B:SIW401 3.7 40.2 0.3
O7 B:SIW401 3.7 44.0 0.2
O23 B:SIW401 3.7 45.9 0.3
O1 B:SIW401 3.7 46.0 0.3
O1E B:SIW401 3.7 46.0 0.3
W2 B:SIW401 3.7 36.2 0.2
O20E B:SIW401 3.8 48.2 0.2
O7 B:SIW401 3.8 47.9 0.3
W5E B:SIW401 3.8 34.1 0.2
W1 B:SIW401 3.9 27.6 0.2
O2 B:SIW401 3.9 48.7 0.2
O7E B:SIW401 3.9 41.8 0.3
O8 B:SIW401 3.9 44.4 0.2
W5 B:SIW401 3.9 67.7 0.2
O15 B:SIW401 3.9 45.8 0.3
O15E B:SIW401 4.0 42.2 0.3
O17E B:SIW401 4.0 45.6 0.2
O3 B:SIW401 4.0 49.4 0.3
O15E B:SIW401 4.0 44.5 0.2
O3E B:SIW401 4.0 38.5 0.3
O20 B:SIW401 4.1 43.2 0.2
W6 B:SIW401 4.1 57.5 0.2
O3 B:SIW401 4.1 44.6 0.2
O9 B:SIW401 4.2 44.7 0.2
O23E B:SIW401 4.2 43.8 0.2
O23 B:SIW401 4.2 45.1 0.2
W3 B:SIW401 4.2 60.7 0.2
O1 B:SIW401 4.2 46.9 0.2
O17 B:SIW401 4.3 44.9 0.2
O15 B:SIW401 4.5 46.4 0.2
O10E B:SIW401 4.6 45.1 0.2
O6 B:SIW401 4.7 44.3 0.2
O12E B:SIW401 4.9 47.0 0.2
O14E B:SIW401 4.9 45.7 0.2

Reference:

L.Vandebroek, H.Noguchi, K.Kamata, J.R.H.Tame, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet. Shape and Size Complementarity Induced Formation of Supramolecular Protein Assemblies with Metal-Oxo Clusters Biorxiv 2020.
DOI: 10.1101/2020.11.18.388215
Page generated: Thu Dec 17 13:22:06 2020

Last articles

Zn in 7RE3
Zn in 7RDX
Zn in 7RDZ
Zn in 7RWM
Zn in 7PGU
Zn in 7PGR
Zn in 7PGT
Zn in 7PGS
Zn in 7SQE
Zn in 7RWK
© Copyright 2008-2020 by atomistry.com
Home   |    Site Map   |    Copyright   |    Contact us   |    Privacy