Silicon in PDB 6qsf: Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)

The structure of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta), PDB code: 6qsf was solved by H.Noguchi, L.Vandebroek, K.Kamata, J.R.H.Tame, L.Van Meervelt, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å)	47.64 / 1.50
Space group	P 1 21 1
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)	49.244, 69.777, 62.675, 90.00, 104.67, 90.00
R / Rfree (%)	22.4 / 23.8

The structure of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) also contains other interesting chemical elements:

Tungsten

(W)

36 atoms

The binding sites of Silicon atom in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) (pdb code 6qsf). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
In total 3 binding sites of Silicon where determined in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta), PDB code: 6qsf:
Jump to Silicon binding site number: 1; 2; 3;

Silicon binding site 1 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 1 of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:Si301 b:11.5 occ:0.97 SI1 A:SIW301 0.0 11.5 1.0 O19E A:SIW301 1.5 15.0 1.0 O4 A:SIW301 1.5 13.5 1.0 O22 A:SIW301 1.7 17.6 1.0 O21 A:SIW301 1.7 12.3 1.0 W5 A:SIW301 3.5 14.9 1.0 W4 A:SIW301 3.5 13.3 1.0 W2 A:SIW301 3.5 12.2 1.0 W3 A:SIW301 3.5 12.3 1.0 W6 A:SIW301 3.5 13.1 1.0 W1E A:SIW301 3.5 19.1 1.0 W1 A:SIW301 3.5 12.0 1.0 O18E A:SIW301 3.5 18.0 1.0 O9 A:SIW301 3.6 20.1 1.0 O18 A:SIW301 3.6 16.9 1.0 O9E A:SIW301 3.6 21.6 1.0 W3E A:SIW301 3.6 13.3 1.0 W5E A:SIW301 3.6 12.3 1.0 W4E A:SIW301 3.6 11.1 1.0 W2E A:SIW301 3.6 13.3 1.0 W7 A:SIW301 3.6 12.5 1.0 O2 A:SIW301 3.6 19.6 1.0 O20E A:SIW301 3.6 17.9 1.0 O16 A:SIW301 3.6 25.5 1.0 O17 A:SIW301 3.6 28.1 1.0 O20 A:SIW301 3.6 21.8 1.0 O17E A:SIW301 3.7 18.9 1.0 O8 A:SIW301 3.7 16.2 1.0 O2E A:SIW301 3.7 21.0 1.0 O23 A:SIW301 3.7 23.8 1.0 O8E A:SIW301 3.7 21.8 1.0 O16E A:SIW301 3.7 19.9 1.0 O1 A:SIW301 3.7 14.1 1.0 O23E A:SIW301 3.7 15.1 1.0 O1E A:SIW301 3.7 21.1 1.0 O7 A:SIW301 3.8 21.7 1.0 O15 A:SIW301 3.9 16.6 1.0 O7E A:SIW301 3.9 14.9 1.0 O3 A:SIW301 4.0 20.8 1.0 O15E A:SIW301 4.0 17.8 1.0 O3E A:SIW301 4.1 12.8 1.0

Silicon binding site 2 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 2 of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ B:Si301 b:15.5 occ:0.31 SI1 B:SIW301 0.0 15.5 0.3 SI1 B:SIW301 0.5 14.5 0.6 O19E B:SIW301 1.3 27.0 0.6 O4 B:SIW301 1.3 25.3 0.6 O19E B:SIW301 1.5 16.9 0.3 O4 B:SIW301 1.5 23.3 0.3 O22 B:SIW301 1.7 24.6 0.3 O21 B:SIW301 1.7 21.1 0.3 O21 B:SIW301 1.8 22.4 0.6 O22 B:SIW301 2.1 22.1 0.6 W4E B:SIW301 3.2 19.1 0.6 W2E B:SIW301 3.2 14.0 0.6 O2E B:SIW301 3.3 21.8 0.6 O18 B:SIW301 3.4 8.8 0.6 O16E B:SIW301 3.4 19.7 0.6 W7 B:SIW301 3.4 14.8 0.6 O1E B:SIW301 3.4 20.6 0.6 W3E B:SIW301 3.4 14.6 0.6 W5E B:SIW301 3.4 16.2 0.6 O8E B:SIW301 3.5 18.9 0.6 W5 B:SIW301 3.5 43.7 0.3 W4 B:SIW301 3.5 22.1 0.3 W2 B:SIW301 3.5 18.7 0.3 W3 B:SIW301 3.5 27.2 0.3 W6 B:SIW301 3.5 27.4 0.3 W1E B:SIW301 3.5 16.1 0.3 W1 B:SIW301 3.5 22.5 0.3 O9E B:SIW301 3.5 24.6 0.6 O18E B:SIW301 3.5 24.5 0.3 W1E B:SIW301 3.6 16.6 0.6 W1 B:SIW301 3.6 25.4 0.6 O9 B:SIW301 3.6 19.6 0.3 O18 B:SIW301 3.6 20.8 0.3 O9E B:SIW301 3.6 20.8 0.3 W3E B:SIW301 3.6 18.3 0.3 W5E B:SIW301 3.6 17.9 0.3 W4E B:SIW301 3.6 6.3 0.3 W2E B:SIW301 3.6 14.2 0.3 O16 B:SIW301 3.6 23.4 0.6 O7E B:SIW301 3.6 20.7 0.6 W7 B:SIW301 3.6 20.9 0.3 O18E B:SIW301 3.6 18.8 0.6 O20 B:SIW301 3.6 12.1 0.6 O3E B:SIW301 3.6 22.1 0.6 O2 B:SIW301 3.6 24.0 0.3 O20E B:SIW301 3.6 14.7 0.3 O16 B:SIW301 3.6 22.2 0.3 O17 B:SIW301 3.6 20.9 0.3 O20 B:SIW301 3.6 24.3 0.3 O17E B:SIW301 3.7 12.9 0.3 O8 B:SIW301 3.7 19.8 0.3 O2E B:SIW301 3.7 18.8 0.3 O23 B:SIW301 3.7 20.9 0.3 O8E B:SIW301 3.7 21.0 0.3 O16E B:SIW301 3.7 16.5 0.3 O1 B:SIW301 3.7 18.1 0.3 W4 B:SIW301 3.7 16.0 0.6 W2 B:SIW301 3.7 13.6 0.6 O23E B:SIW301 3.7 18.9 0.3 O17E B:SIW301 3.7 14.0 0.6 O8 B:SIW301 3.7 15.3 0.6 O1E B:SIW301 3.7 20.8 0.3 W6 B:SIW301 3.8 14.2 0.6 O15E B:SIW301 3.8 22.2 0.6 O23E B:SIW301 3.8 14.2 0.6 O9 B:SIW301 3.8 22.1 0.6 O7 B:SIW301 3.8 20.4 0.6 O7 B:SIW301 3.8 16.7 0.3 O20E B:SIW301 3.9 16.2 0.6 O15 B:SIW301 3.9 23.2 0.3 W5 B:SIW301 3.9 15.2 0.6 O7E B:SIW301 3.9 18.2 0.3 W3 B:SIW301 3.9 13.8 0.6 O17 B:SIW301 4.0 23.9 0.6 O2 B:SIW301 4.0 16.7 0.6 O3 B:SIW301 4.0 19.6 0.3 O15E B:SIW301 4.0 22.0 0.3 O23 B:SIW301 4.0 20.9 0.6 O1 B:SIW301 4.1 17.3 0.6 O3E B:SIW301 4.1 8.8 0.3 O3 B:SIW301 4.2 14.0 0.6 O15 B:SIW301 4.4 21.3 0.6 O14E B:SIW301 4.9 20.3 0.6 O10E B:SIW301 4.9 19.4 0.6

Silicon binding site 3 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 3 of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ B:Si301 b:14.5 occ:0.61 SI1 B:SIW301 0.0 14.5 0.6 SI1 B:SIW301 0.5 15.5 0.3 O4 B:SIW301 1.3 23.3 0.3 O19E B:SIW301 1.5 27.0 0.6 O4 B:SIW301 1.5 25.3 0.6 O21 B:SIW301 1.6 21.1 0.3 O22 B:SIW301 1.6 24.6 0.3 O22 B:SIW301 1.7 22.1 0.6 O21 B:SIW301 1.7 22.4 0.6 O19E B:SIW301 1.9 16.9 0.3 W1 B:SIW301 3.1 22.5 0.3 O9 B:SIW301 3.1 19.6 0.3 W2 B:SIW301 3.2 18.7 0.3 W3 B:SIW301 3.2 27.2 0.3 O8 B:SIW301 3.3 19.8 0.3 O1 B:SIW301 3.3 18.1 0.3 O18 B:SIW301 3.3 20.8 0.3 O20 B:SIW301 3.4 24.3 0.3 O17 B:SIW301 3.5 20.9 0.3 W5 B:SIW301 3.5 15.2 0.6 W4 B:SIW301 3.5 16.0 0.6 W2 B:SIW301 3.5 13.6 0.6 W3 B:SIW301 3.5 13.8 0.6 W6 B:SIW301 3.5 14.2 0.6 W1E B:SIW301 3.5 16.6 0.6 W1 B:SIW301 3.5 25.4 0.6 O18E B:SIW301 3.5 18.8 0.6 O9 B:SIW301 3.6 22.1 0.6 O9E B:SIW301 3.6 24.6 0.6 W6 B:SIW301 3.6 27.4 0.3 O18 B:SIW301 3.6 8.8 0.6 W3E B:SIW301 3.6 14.6 0.6 W4E B:SIW301 3.6 6.3 0.3 W5E B:SIW301 3.6 17.9 0.3 W5E B:SIW301 3.6 16.2 0.6 W4E B:SIW301 3.6 19.1 0.6 W4 B:SIW301 3.6 22.1 0.3 W2E B:SIW301 3.6 14.0 0.6 W5 B:SIW301 3.6 43.7 0.3 W7 B:SIW301 3.6 14.8 0.6 O2 B:SIW301 3.6 16.7 0.6 O7 B:SIW301 3.6 16.7 0.3 W7 B:SIW301 3.6 20.9 0.3 O20E B:SIW301 3.6 16.2 0.6 O17 B:SIW301 3.6 23.9 0.6 O16 B:SIW301 3.6 23.4 0.6 O20 B:SIW301 3.6 12.1 0.6 O16E B:SIW301 3.6 16.5 0.3 O2 B:SIW301 3.7 24.0 0.3 O17E B:SIW301 3.7 14.0 0.6 O8 B:SIW301 3.7 15.3 0.6 O2E B:SIW301 3.7 21.8 0.6 O23E B:SIW301 3.7 18.9 0.3 O23 B:SIW301 3.7 20.9 0.6 O16E B:SIW301 3.7 19.7 0.6 O8E B:SIW301 3.7 18.9 0.6 O1 B:SIW301 3.7 17.3 0.6 O2E B:SIW301 3.7 18.8 0.3 O23E B:SIW301 3.7 14.2 0.6 O16 B:SIW301 3.7 22.2 0.3 O1E B:SIW301 3.7 20.6 0.6 O15 B:SIW301 3.8 23.2 0.3 O23 B:SIW301 3.8 20.9 0.3 O3 B:SIW301 3.8 19.6 0.3 O18E B:SIW301 3.8 24.5 0.3 O7 B:SIW301 3.8 20.4 0.6 O17E B:SIW301 3.9 12.9 0.3 O15 B:SIW301 3.9 21.3 0.6 O20E B:SIW301 3.9 14.7 0.3 O7E B:SIW301 3.9 20.7 0.6 W3E B:SIW301 3.9 18.3 0.3 W1E B:SIW301 3.9 16.1 0.3 W2E B:SIW301 4.0 14.2 0.3 O3 B:SIW301 4.0 14.0 0.6 O15E B:SIW301 4.0 22.2 0.6 O9E B:SIW301 4.0 20.8 0.3 O3E B:SIW301 4.1 22.1 0.6 O8E B:SIW301 4.1 21.0 0.3 O1E B:SIW301 4.1 20.8 0.3 O7E B:SIW301 4.2 18.2 0.3 O15E B:SIW301 4.2 22.0 0.3 O3E B:SIW301 4.3 8.8 0.3 O12 B:SIW301 4.8 29.2 0.3 O11 B:SIW301 4.8 18.8 0.3 O10 B:SIW301 4.9 19.6 0.3

H.Noguchi, L.Vandebroek, K.Kamata, J.R.H.Tame, L.Van Meervelt, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet. Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) To Be Published.