Atomistry » Silicon » PDB 1fuq-7ckg » 6qsf
Atomistry »
  Silicon »
    PDB 1fuq-7ckg »
      6qsf »

Silicon in PDB 6qsf: Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)

Protein crystallography data

The structure of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta), PDB code: 6qsf was solved by H.Noguchi, L.Vandebroek, K.Kamata, J.R.H.Tame, L.Van Meervelt, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å) 47.64 / 1.50
Space group P 1 21 1
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°) 49.244, 69.777, 62.675, 90.00, 104.67, 90.00
R / Rfree (%) 22.4 / 23.8

Other elements in 6qsf:

The structure of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) also contains other interesting chemical elements:

Tungsten (W) 36 atoms

Silicon Binding Sites:

The binding sites of Silicon atom in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) (pdb code 6qsf). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
In total 3 binding sites of Silicon where determined in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta), PDB code: 6qsf:
Jump to Silicon binding site number: 1; 2; 3;

Silicon binding site 1 out of 3 in 6qsf

Go back to Silicon Binding Sites List in 6qsf
Silicon binding site 1 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 1 of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si301

b:11.5
occ:0.97
SI1 A:SIW301 0.0 11.5 1.0
O19E A:SIW301 1.5 15.0 1.0
O4 A:SIW301 1.5 13.5 1.0
O22 A:SIW301 1.7 17.6 1.0
O21 A:SIW301 1.7 12.3 1.0
W5 A:SIW301 3.5 14.9 1.0
W4 A:SIW301 3.5 13.3 1.0
W2 A:SIW301 3.5 12.2 1.0
W3 A:SIW301 3.5 12.3 1.0
W6 A:SIW301 3.5 13.1 1.0
W1E A:SIW301 3.5 19.1 1.0
W1 A:SIW301 3.5 12.0 1.0
O18E A:SIW301 3.5 18.0 1.0
O9 A:SIW301 3.6 20.1 1.0
O18 A:SIW301 3.6 16.9 1.0
O9E A:SIW301 3.6 21.6 1.0
W3E A:SIW301 3.6 13.3 1.0
W5E A:SIW301 3.6 12.3 1.0
W4E A:SIW301 3.6 11.1 1.0
W2E A:SIW301 3.6 13.3 1.0
W7 A:SIW301 3.6 12.5 1.0
O2 A:SIW301 3.6 19.6 1.0
O20E A:SIW301 3.6 17.9 1.0
O16 A:SIW301 3.6 25.5 1.0
O17 A:SIW301 3.6 28.1 1.0
O20 A:SIW301 3.6 21.8 1.0
O17E A:SIW301 3.7 18.9 1.0
O8 A:SIW301 3.7 16.2 1.0
O2E A:SIW301 3.7 21.0 1.0
O23 A:SIW301 3.7 23.8 1.0
O8E A:SIW301 3.7 21.8 1.0
O16E A:SIW301 3.7 19.9 1.0
O1 A:SIW301 3.7 14.1 1.0
O23E A:SIW301 3.7 15.1 1.0
O1E A:SIW301 3.7 21.1 1.0
O7 A:SIW301 3.8 21.7 1.0
O15 A:SIW301 3.9 16.6 1.0
O7E A:SIW301 3.9 14.9 1.0
O3 A:SIW301 4.0 20.8 1.0
O15E A:SIW301 4.0 17.8 1.0
O3E A:SIW301 4.1 12.8 1.0

Silicon binding site 2 out of 3 in 6qsf

Go back to Silicon Binding Sites List in 6qsf
Silicon binding site 2 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 2 of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
B:Si301

b:15.5
occ:0.31
SI1 B:SIW301 0.0 15.5 0.3
SI1 B:SIW301 0.5 14.5 0.6
O19E B:SIW301 1.3 27.0 0.6
O4 B:SIW301 1.3 25.3 0.6
O19E B:SIW301 1.5 16.9 0.3
O4 B:SIW301 1.5 23.3 0.3
O22 B:SIW301 1.7 24.6 0.3
O21 B:SIW301 1.7 21.1 0.3
O21 B:SIW301 1.8 22.4 0.6
O22 B:SIW301 2.1 22.1 0.6
W4E B:SIW301 3.2 19.1 0.6
W2E B:SIW301 3.2 14.0 0.6
O2E B:SIW301 3.3 21.8 0.6
O18 B:SIW301 3.4 8.8 0.6
O16E B:SIW301 3.4 19.7 0.6
W7 B:SIW301 3.4 14.8 0.6
O1E B:SIW301 3.4 20.6 0.6
W3E B:SIW301 3.4 14.6 0.6
W5E B:SIW301 3.4 16.2 0.6
O8E B:SIW301 3.5 18.9 0.6
W5 B:SIW301 3.5 43.7 0.3
W4 B:SIW301 3.5 22.1 0.3
W2 B:SIW301 3.5 18.7 0.3
W3 B:SIW301 3.5 27.2 0.3
W6 B:SIW301 3.5 27.4 0.3
W1E B:SIW301 3.5 16.1 0.3
W1 B:SIW301 3.5 22.5 0.3
O9E B:SIW301 3.5 24.6 0.6
O18E B:SIW301 3.5 24.5 0.3
W1E B:SIW301 3.6 16.6 0.6
W1 B:SIW301 3.6 25.4 0.6
O9 B:SIW301 3.6 19.6 0.3
O18 B:SIW301 3.6 20.8 0.3
O9E B:SIW301 3.6 20.8 0.3
W3E B:SIW301 3.6 18.3 0.3
W5E B:SIW301 3.6 17.9 0.3
W4E B:SIW301 3.6 6.3 0.3
W2E B:SIW301 3.6 14.2 0.3
O16 B:SIW301 3.6 23.4 0.6
O7E B:SIW301 3.6 20.7 0.6
W7 B:SIW301 3.6 20.9 0.3
O18E B:SIW301 3.6 18.8 0.6
O20 B:SIW301 3.6 12.1 0.6
O3E B:SIW301 3.6 22.1 0.6
O2 B:SIW301 3.6 24.0 0.3
O20E B:SIW301 3.6 14.7 0.3
O16 B:SIW301 3.6 22.2 0.3
O17 B:SIW301 3.6 20.9 0.3
O20 B:SIW301 3.6 24.3 0.3
O17E B:SIW301 3.7 12.9 0.3
O8 B:SIW301 3.7 19.8 0.3
O2E B:SIW301 3.7 18.8 0.3
O23 B:SIW301 3.7 20.9 0.3
O8E B:SIW301 3.7 21.0 0.3
O16E B:SIW301 3.7 16.5 0.3
O1 B:SIW301 3.7 18.1 0.3
W4 B:SIW301 3.7 16.0 0.6
W2 B:SIW301 3.7 13.6 0.6
O23E B:SIW301 3.7 18.9 0.3
O17E B:SIW301 3.7 14.0 0.6
O8 B:SIW301 3.7 15.3 0.6
O1E B:SIW301 3.7 20.8 0.3
W6 B:SIW301 3.8 14.2 0.6
O15E B:SIW301 3.8 22.2 0.6
O23E B:SIW301 3.8 14.2 0.6
O9 B:SIW301 3.8 22.1 0.6
O7 B:SIW301 3.8 20.4 0.6
O7 B:SIW301 3.8 16.7 0.3
O20E B:SIW301 3.9 16.2 0.6
O15 B:SIW301 3.9 23.2 0.3
W5 B:SIW301 3.9 15.2 0.6
O7E B:SIW301 3.9 18.2 0.3
W3 B:SIW301 3.9 13.8 0.6
O17 B:SIW301 4.0 23.9 0.6
O2 B:SIW301 4.0 16.7 0.6
O3 B:SIW301 4.0 19.6 0.3
O15E B:SIW301 4.0 22.0 0.3
O23 B:SIW301 4.0 20.9 0.6
O1 B:SIW301 4.1 17.3 0.6
O3E B:SIW301 4.1 8.8 0.3
O3 B:SIW301 4.2 14.0 0.6
O15 B:SIW301 4.4 21.3 0.6
O14E B:SIW301 4.9 20.3 0.6
O10E B:SIW301 4.9 19.4 0.6

Silicon binding site 3 out of 3 in 6qsf

Go back to Silicon Binding Sites List in 6qsf
Silicon binding site 3 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta)


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 3 of Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
B:Si301

b:14.5
occ:0.61
SI1 B:SIW301 0.0 14.5 0.6
SI1 B:SIW301 0.5 15.5 0.3
O4 B:SIW301 1.3 23.3 0.3
O19E B:SIW301 1.5 27.0 0.6
O4 B:SIW301 1.5 25.3 0.6
O21 B:SIW301 1.6 21.1 0.3
O22 B:SIW301 1.6 24.6 0.3
O22 B:SIW301 1.7 22.1 0.6
O21 B:SIW301 1.7 22.4 0.6
O19E B:SIW301 1.9 16.9 0.3
W1 B:SIW301 3.1 22.5 0.3
O9 B:SIW301 3.1 19.6 0.3
W2 B:SIW301 3.2 18.7 0.3
W3 B:SIW301 3.2 27.2 0.3
O8 B:SIW301 3.3 19.8 0.3
O1 B:SIW301 3.3 18.1 0.3
O18 B:SIW301 3.3 20.8 0.3
O20 B:SIW301 3.4 24.3 0.3
O17 B:SIW301 3.5 20.9 0.3
W5 B:SIW301 3.5 15.2 0.6
W4 B:SIW301 3.5 16.0 0.6
W2 B:SIW301 3.5 13.6 0.6
W3 B:SIW301 3.5 13.8 0.6
W6 B:SIW301 3.5 14.2 0.6
W1E B:SIW301 3.5 16.6 0.6
W1 B:SIW301 3.5 25.4 0.6
O18E B:SIW301 3.5 18.8 0.6
O9 B:SIW301 3.6 22.1 0.6
O9E B:SIW301 3.6 24.6 0.6
W6 B:SIW301 3.6 27.4 0.3
O18 B:SIW301 3.6 8.8 0.6
W3E B:SIW301 3.6 14.6 0.6
W4E B:SIW301 3.6 6.3 0.3
W5E B:SIW301 3.6 17.9 0.3
W5E B:SIW301 3.6 16.2 0.6
W4E B:SIW301 3.6 19.1 0.6
W4 B:SIW301 3.6 22.1 0.3
W2E B:SIW301 3.6 14.0 0.6
W5 B:SIW301 3.6 43.7 0.3
W7 B:SIW301 3.6 14.8 0.6
O2 B:SIW301 3.6 16.7 0.6
O7 B:SIW301 3.6 16.7 0.3
W7 B:SIW301 3.6 20.9 0.3
O20E B:SIW301 3.6 16.2 0.6
O17 B:SIW301 3.6 23.9 0.6
O16 B:SIW301 3.6 23.4 0.6
O20 B:SIW301 3.6 12.1 0.6
O16E B:SIW301 3.6 16.5 0.3
O2 B:SIW301 3.7 24.0 0.3
O17E B:SIW301 3.7 14.0 0.6
O8 B:SIW301 3.7 15.3 0.6
O2E B:SIW301 3.7 21.8 0.6
O23E B:SIW301 3.7 18.9 0.3
O23 B:SIW301 3.7 20.9 0.6
O16E B:SIW301 3.7 19.7 0.6
O8E B:SIW301 3.7 18.9 0.6
O1 B:SIW301 3.7 17.3 0.6
O2E B:SIW301 3.7 18.8 0.3
O23E B:SIW301 3.7 14.2 0.6
O16 B:SIW301 3.7 22.2 0.3
O1E B:SIW301 3.7 20.6 0.6
O15 B:SIW301 3.8 23.2 0.3
O23 B:SIW301 3.8 20.9 0.3
O3 B:SIW301 3.8 19.6 0.3
O18E B:SIW301 3.8 24.5 0.3
O7 B:SIW301 3.8 20.4 0.6
O17E B:SIW301 3.9 12.9 0.3
O15 B:SIW301 3.9 21.3 0.6
O20E B:SIW301 3.9 14.7 0.3
O7E B:SIW301 3.9 20.7 0.6
W3E B:SIW301 3.9 18.3 0.3
W1E B:SIW301 3.9 16.1 0.3
W2E B:SIW301 4.0 14.2 0.3
O3 B:SIW301 4.0 14.0 0.6
O15E B:SIW301 4.0 22.2 0.6
O9E B:SIW301 4.0 20.8 0.3
O3E B:SIW301 4.1 22.1 0.6
O8E B:SIW301 4.1 21.0 0.3
O1E B:SIW301 4.1 20.8 0.3
O7E B:SIW301 4.2 18.2 0.3
O15E B:SIW301 4.2 22.0 0.3
O3E B:SIW301 4.3 8.8 0.3
O12 B:SIW301 4.8 29.2 0.3
O11 B:SIW301 4.8 18.8 0.3
O10 B:SIW301 4.9 19.6 0.3

Reference:

H.Noguchi, L.Vandebroek, K.Kamata, J.R.H.Tame, L.Van Meervelt, T.N.Parac-Vogt, A.R.D.Voet. Crystal Structure of PIZZA6S in the Presence of Keggin (Sta) To Be Published.
Page generated: Wed Dec 16 02:09:34 2020

Last articles

Zn in 7RE3
Zn in 7RDX
Zn in 7RDZ
Zn in 7RWM
Zn in 7PGU
Zn in 7PGR
Zn in 7PGT
Zn in 7PGS
Zn in 7SQE
Zn in 7RWK
© Copyright 2008-2020 by atomistry.com
Home   |    Site Map   |    Copyright   |    Contact us   |    Privacy