Chemical elements
  Silicon
    Isotopes
    Energy
    Physical Properties
    Chemical Properties
    PDB 1fuq-4ehr
      1fuq
      1fv2
      1fv3
      1nd0
      1tuj
      1xz0
      1y3g
      2fud
      2hrl
      2zy0
      4ehr

Silicon in the structure of Solution Structure of the Honey Bee General Odorant Binding Protein ASP2 in Complex With Trimethylsilyl-D4 Propionate (pdb 1tuj)






The binding sites of Silicon atom in the structure of Solution Structure of the Honey Bee General Odorant Binding Protein ASP2 in Complex With Trimethylsilyl-D4 Propionate (pdb code 1tuj). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
The 1tuj structure was solved by E.LESCOP, L.BRIAND, J.-C.PERNOLLET, E.GUITTET, with NMR in Solution technique.


Silicon Binding Sites:

Silicon binding site 1 out of 1 in 1tuj


Silicon binding site 1 out of 1 in 1tuj
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stereopicture of Silicon binding site 1 out of 1 in 1tuj
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Silicon in the PDB 1tuj. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Silicon atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tyr117, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Val54, A: Met55, A: Tyr117, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Leu14, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Ile58, A: Met74, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tyr117, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Leu14, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tyr117, A: Ser123, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tyr113, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Met55, A: Met74, A: Tyr117, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Leu14, A: Lys51, A: Met55, A: Met74, A: Tyr113, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Leu14, A: Lys51, A: Met55, A: Met74, A: Tyr113, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met60, A: Met74, A: Tyr117, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Leu14, A: Val54, A: Met55, A: Tyr117, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Leu14, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tyr117, A: Ser123, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met74, A: Tyr117, A: Tsd124, A: Tyr10, A: Lys51, A: Val54, A: Met55, A: Met60, A: Met74, A: Tsd124,

conact list:


AtomAtomDistance (A)
SiHB3 A:Tyr104.91
SiHD1 A:Tyr104.68
SiHZ3 A:Lys514.12
SiCE A:Lys514.80
SiHE2 A:Lys514.02
SiNZ A:Lys514.54
SiHZ1 A:Lys514.17
SiHG13 A:Val544.87
SiHB A:Val544.44
SiHG11 A:Val544.85
SiHG3 A:Met555.00
SiHG2 A:Met554.12
SiHE1 A:Met554.31
SiHE2 A:Met744.92
SiHE2 A:Tyr1174.42
SiSI4 A:Tsd1240.00
SiH41 A:Tsd1242.41
SiH53 A:Tsd1242.41
SiC1 A:Tsd1244.24
SiH42 A:Tsd1242.41
SiD31 A:Tsd1242.39
SiH43 A:Tsd1242.41
SiH61 A:Tsd1242.41
SiC2 A:Tsd1242.87
SiH62 A:Tsd1242.41
SiC6 A:Tsd1241.80
SiD21 A:Tsd1243.09
SiC5 A:Tsd1241.80
SiO13 A:Tsd1244.95
SiD22 A:Tsd1243.03
SiH63 A:Tsd1242.41
SiC4 A:Tsd1241.80
SiD32 A:Tsd1242.39
SiC3 A:Tsd1241.82
SiH51 A:Tsd1242.41
SiH52 A:Tsd1242.41
SiO12 A:Tsd1244.92
SiHB3 A:Tyr104.91
SiHD1 A:Tyr104.68
SiHG13 A:Val544.87
SiHB A:Val544.44
SiHG11 A:Val544.85
SiHG3 A:Met555.00
SiHG2 A:Met554.12
SiHE1 A:Met554.31
SiHE2 A:Tyr1174.42
SiSI4 A:Tsd1240.00
SiH41 A:Tsd1242.41
SiH53 A:Tsd1242.41
SiC1 A:Tsd1244.24
SiH42 A:Tsd1242.41
SiD31 A:Tsd1242.39
SiH43 A:Tsd1242.41
SiH61 A:Tsd1242.41
SiC2 A:Tsd1242.87
SiH62 A:Tsd1242.41
SiC6 A:Tsd1241.80
SiD21 A:Tsd1243.09
SiC5 A:Tsd1241.80
SiO13 A:Tsd1244.95
SiD22 A:Tsd1243.03
SiH63 A:Tsd1242.41
SiC4 A:Tsd1241.80
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SiH52 A:Tsd1242.41
SiO12 A:Tsd1244.92
SiHB3 A:Tyr104.91
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SiHZ3 A:Lys514.12
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SiHB A:Val544.44
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SiHG3 A:Met555.00
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SiHE1 A:Met554.31
SiHE2 A:Met744.92
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SiH53 A:Tsd1242.41
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SiD31 A:Tsd1242.39
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SiH61 A:Tsd1242.41
SiC2 A:Tsd1242.87
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SiH43 A:Tsd1242.41
SiH61 A:Tsd1242.41
SiC2 A:Tsd1242.87
SiH62 A:Tsd1242.41
SiC6 A:Tsd1241.80
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SiC5 A:Tsd1241.80
SiO13 A:Tsd1244.95
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SiH63 A:Tsd1242.41
SiC4 A:Tsd1241.80
SiD32 A:Tsd1242.39
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SiHE2 A:Tyr1174.42
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SiH52 A:Tsd1242.41
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SiHD1 A:Tyr104.68
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SiC4 A:Tsd1241.80
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SiH52 A:Tsd1242.41
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SiC2 A:Tsd1242.87
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SiD22 A:Tsd1243.03
SiH63 A:Tsd1242.41
SiC4 A:Tsd1241.80
SiD32 A:Tsd1242.39
SiC3 A:Tsd1241.82
SiH51 A:Tsd1242.41
SiH52 A:Tsd1242.41
SiO12 A:Tsd1244.92
SiHB3 A:Tyr104.91
SiHD1 A:Tyr104.68
SiHZ3 A:Lys514.12
SiCE A:Lys514.80
SiHE2 A:Lys514.02
SiNZ A:Lys514.54
SiHZ1 A:Lys514.17
SiHG13 A:Val544.87
SiHB A:Val544.44
SiHG11 A:Val544.85
SiHG3 A:Met555.00
SiHG2 A:Met554.12
SiHE1 A:Met554.31
SiHE2 A:Met744.92
SiHE2 A:Tyr1174.42
SiSI4 A:Tsd1240.00
SiH41 A:Tsd1242.41
SiH53 A:Tsd1242.41
SiC1 A:Tsd1244.24
SiH42 A:Tsd1242.41
SiD31 A:Tsd1242.39
SiH43 A:Tsd1242.41
SiH61 A:Tsd1242.41
SiC2 A:Tsd1242.87
SiH62 A:Tsd1242.41
SiC6 A:Tsd1241.80
SiD21 A:Tsd1243.09
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