Silicon in PDB 8p2u: Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate
Protein crystallography data
The structure of Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate, PDB code: 8p2u
was solved by
S.M.L.Wouters,
K.Kamata,
L.Vandebroek,
with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:
Resolution Low / High (Å)
|
38.38 /
1.40
|
Space group
|
P 1
|
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)
|
34.976,
43.244,
44.069,
63.28,
90,
66.15
|
R / Rfree (%)
|
17.9 /
21.2
|
Other elements in 8p2u:
The structure of Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate also contains other interesting chemical elements:
Silicon Binding Sites:
The binding sites of Silicon atom in the Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate
(pdb code 8p2u). This binding sites where shown within
5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
In total 2 binding sites of Silicon where determined in the
Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate, PDB code: 8p2u:
Jump to Silicon binding site number:
1;
2;
Silicon binding site 1 out
of 2 in 8p2u
Go back to
Silicon Binding Sites List in 8p2u
Silicon binding site 1 out
of 2 in the Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate
Mono view
Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 1 of Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si401
b:26.9
occ:0.51
|
SI1
|
A:SIW401
|
0.0
|
26.9
|
0.5
|
O20
|
A:SIW401
|
1.2
|
28.7
|
0.5
|
O4
|
A:SIW401
|
1.4
|
29.6
|
0.5
|
O19E
|
A:SIW401
|
1.5
|
29.0
|
0.5
|
O4
|
A:SIW401
|
1.5
|
25.4
|
0.5
|
O22
|
A:SIW401
|
1.7
|
28.4
|
0.5
|
O21
|
A:SIW401
|
1.7
|
27.2
|
0.5
|
W1
|
A:SIW401
|
2.0
|
27.3
|
0.5
|
W5E
|
A:SIW401
|
2.0
|
26.5
|
0.5
|
O9
|
A:SIW401
|
2.2
|
30.1
|
0.5
|
O23E
|
A:SIW401
|
2.3
|
27.8
|
0.5
|
SI1
|
A:SIW401
|
2.5
|
28.6
|
0.5
|
O18
|
A:SIW401
|
2.7
|
27.7
|
0.5
|
O2E
|
A:SIW401
|
2.8
|
26.4
|
0.5
|
O17
|
A:SIW401
|
2.8
|
29.6
|
0.5
|
O22
|
A:SIW401
|
2.9
|
27.8
|
0.5
|
W3
|
A:SIW401
|
3.3
|
27.9
|
0.5
|
W6
|
A:SIW401
|
3.3
|
25.6
|
0.5
|
O12
|
A:SIW401
|
3.3
|
29.4
|
0.5
|
O8
|
A:SIW401
|
3.4
|
29.3
|
0.5
|
O13E
|
A:SIW401
|
3.4
|
28.2
|
0.5
|
W4
|
A:SIW401
|
3.4
|
28.4
|
0.5
|
O2E
|
A:SIW401
|
3.4
|
23.1
|
0.5
|
W4E
|
A:SIW401
|
3.4
|
23.4
|
0.5
|
O18
|
A:SIW401
|
3.5
|
23.4
|
0.5
|
W5E
|
A:SIW401
|
3.5
|
19.9
|
0.5
|
W4E
|
A:SIW401
|
3.5
|
24.6
|
0.5
|
O20
|
A:SIW401
|
3.5
|
22.1
|
0.5
|
W6
|
A:SIW401
|
3.5
|
25.1
|
0.5
|
O17
|
A:SIW401
|
3.5
|
27.6
|
0.5
|
W5
|
A:SIW401
|
3.5
|
29.5
|
0.5
|
W3
|
A:SIW401
|
3.5
|
26.8
|
0.5
|
W3E
|
A:SIW401
|
3.5
|
26.0
|
0.5
|
W2
|
A:SIW401
|
3.5
|
22.4
|
0.5
|
W7
|
A:SIW401
|
3.5
|
25.5
|
0.5
|
O15E
|
A:SIW401
|
3.6
|
26.9
|
0.5
|
O9E
|
A:SIW401
|
3.6
|
27.5
|
0.5
|
O16
|
A:SIW401
|
3.6
|
27.8
|
0.5
|
W1
|
A:SIW401
|
3.6
|
21.8
|
0.5
|
O18E
|
A:SIW401
|
3.6
|
29.5
|
0.5
|
O2
|
A:SIW401
|
3.6
|
30.2
|
0.5
|
W1E
|
A:SIW401
|
3.6
|
26.8
|
0.5
|
W2E
|
A:SIW401
|
3.6
|
24.5
|
0.5
|
O19E
|
A:SIW401
|
3.6
|
29.9
|
0.5
|
O21
|
A:SIW401
|
3.6
|
28.2
|
0.5
|
O1E
|
A:SIW401
|
3.6
|
25.9
|
0.5
|
O23
|
A:SIW401
|
3.7
|
28.6
|
0.5
|
O9
|
A:SIW401
|
3.7
|
25.5
|
0.5
|
O7
|
A:SIW401
|
3.7
|
25.2
|
0.5
|
O16E
|
A:SIW401
|
3.7
|
25.0
|
0.5
|
O8E
|
A:SIW401
|
3.7
|
26.9
|
0.5
|
O17E
|
A:SIW401
|
3.7
|
26.5
|
0.5
|
O20E
|
A:SIW401
|
3.8
|
29.9
|
0.5
|
O23E
|
A:SIW401
|
3.8
|
24.1
|
0.5
|
O8
|
A:SIW401
|
3.9
|
22.9
|
0.5
|
O3
|
A:SIW401
|
3.9
|
26.9
|
0.5
|
O15
|
A:SIW401
|
3.9
|
29.6
|
0.5
|
O1
|
A:SIW401
|
3.9
|
26.1
|
0.5
|
O15E
|
A:SIW401
|
4.0
|
24.5
|
0.5
|
O7E
|
A:SIW401
|
4.0
|
25.3
|
0.5
|
O17E
|
A:SIW401
|
4.0
|
27.7
|
0.5
|
O3E
|
A:SIW401
|
4.1
|
25.1
|
0.5
|
O1
|
A:SIW401
|
4.1
|
29.8
|
0.5
|
W2
|
A:SIW401
|
4.3
|
28.3
|
0.5
|
W3E
|
A:SIW401
|
4.3
|
26.2
|
0.5
|
O16E
|
A:SIW401
|
4.4
|
28.2
|
0.5
|
O11
|
A:SIW401
|
4.6
|
31.1
|
0.5
|
O23
|
A:SIW401
|
4.6
|
26.9
|
0.5
|
O5
|
A:SIW401
|
4.6
|
30.3
|
0.5
|
O1E
|
A:SIW401
|
4.7
|
27.5
|
0.5
|
O15
|
A:SIW401
|
4.7
|
28.0
|
0.5
|
O7
|
A:SIW401
|
4.8
|
29.4
|
0.5
|
O3E
|
A:SIW401
|
4.8
|
26.9
|
0.5
|
O14E
|
A:SIW401
|
4.8
|
26.1
|
0.5
|
W7
|
A:SIW401
|
5.0
|
28.7
|
0.5
|
|
Silicon binding site 2 out
of 2 in 8p2u
Go back to
Silicon Binding Sites List in 8p2u
Silicon binding site 2 out
of 2 in the Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate
Mono view
Stereo pair view
|
A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding
site number 2 of Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate within 5.0Å range:
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Si401
b:28.6
occ:0.49
|
SI1
|
A:SIW401
|
0.0
|
28.6
|
0.5
|
O1E
|
A:SIW401
|
1.2
|
25.9
|
0.5
|
O19E
|
A:SIW401
|
1.5
|
29.9
|
0.5
|
O4
|
A:SIW401
|
1.5
|
29.6
|
0.5
|
O21
|
A:SIW401
|
1.7
|
28.2
|
0.5
|
O22
|
A:SIW401
|
1.7
|
27.8
|
0.5
|
O19E
|
A:SIW401
|
1.7
|
29.0
|
0.5
|
W2E
|
A:SIW401
|
2.0
|
24.5
|
0.5
|
W3E
|
A:SIW401
|
2.0
|
26.0
|
0.5
|
SI1
|
A:SIW401
|
2.5
|
26.9
|
0.5
|
O3E
|
A:SIW401
|
2.5
|
25.1
|
0.5
|
O2E
|
A:SIW401
|
2.6
|
23.1
|
0.5
|
O15E
|
A:SIW401
|
2.7
|
24.5
|
0.5
|
O9E
|
A:SIW401
|
2.7
|
27.5
|
0.5
|
O8E
|
A:SIW401
|
2.8
|
26.9
|
0.5
|
O4
|
A:SIW401
|
2.9
|
25.4
|
0.5
|
W4E
|
A:SIW401
|
3.2
|
23.4
|
0.5
|
W5E
|
A:SIW401
|
3.3
|
19.9
|
0.5
|
W7
|
A:SIW401
|
3.4
|
28.7
|
0.5
|
O11E
|
A:SIW401
|
3.4
|
28.5
|
0.5
|
O16
|
A:SIW401
|
3.4
|
28.6
|
0.5
|
O9E
|
A:SIW401
|
3.4
|
29.7
|
0.5
|
W1E
|
A:SIW401
|
3.5
|
26.8
|
0.5
|
O7E
|
A:SIW401
|
3.5
|
25.3
|
0.5
|
W3
|
A:SIW401
|
3.5
|
27.9
|
0.5
|
W6
|
A:SIW401
|
3.5
|
25.6
|
0.5
|
W4
|
A:SIW401
|
3.5
|
26.0
|
0.5
|
O10E
|
A:SIW401
|
3.5
|
25.5
|
0.5
|
W3E
|
A:SIW401
|
3.5
|
26.2
|
0.5
|
O17E
|
A:SIW401
|
3.5
|
26.5
|
0.5
|
W2
|
A:SIW401
|
3.5
|
28.3
|
0.5
|
O9
|
A:SIW401
|
3.5
|
30.1
|
0.5
|
W2E
|
A:SIW401
|
3.5
|
29.4
|
0.5
|
W1E
|
A:SIW401
|
3.5
|
29.8
|
0.5
|
O17
|
A:SIW401
|
3.5
|
29.6
|
0.5
|
W5E
|
A:SIW401
|
3.6
|
26.5
|
0.5
|
O18
|
A:SIW401
|
3.6
|
27.7
|
0.5
|
W1
|
A:SIW401
|
3.6
|
27.3
|
0.5
|
W5
|
A:SIW401
|
3.6
|
24.8
|
0.5
|
O8E
|
A:SIW401
|
3.6
|
30.3
|
0.5
|
W4E
|
A:SIW401
|
3.6
|
24.6
|
0.5
|
O2E
|
A:SIW401
|
3.6
|
26.4
|
0.5
|
O20
|
A:SIW401
|
3.6
|
28.7
|
0.5
|
O23
|
A:SIW401
|
3.7
|
26.9
|
0.5
|
O18E
|
A:SIW401
|
3.7
|
29.8
|
0.5
|
O1E
|
A:SIW401
|
3.7
|
27.5
|
0.5
|
O17E
|
A:SIW401
|
3.7
|
27.7
|
0.5
|
O16E
|
A:SIW401
|
3.7
|
28.2
|
0.5
|
O21
|
A:SIW401
|
3.7
|
27.2
|
0.5
|
O22
|
A:SIW401
|
3.7
|
28.4
|
0.5
|
O20E
|
A:SIW401
|
3.7
|
28.7
|
0.5
|
O23E
|
A:SIW401
|
3.7
|
27.8
|
0.5
|
O1
|
A:SIW401
|
3.8
|
29.8
|
0.5
|
O7
|
A:SIW401
|
3.8
|
29.4
|
0.5
|
O8
|
A:SIW401
|
3.8
|
29.3
|
0.5
|
O7E
|
A:SIW401
|
3.8
|
29.6
|
0.5
|
O3
|
A:SIW401
|
3.8
|
28.2
|
0.5
|
O2
|
A:SIW401
|
3.8
|
26.0
|
0.5
|
O15
|
A:SIW401
|
3.9
|
28.0
|
0.5
|
O15E
|
A:SIW401
|
4.0
|
26.9
|
0.5
|
O16E
|
A:SIW401
|
4.0
|
25.0
|
0.5
|
O3E
|
A:SIW401
|
4.1
|
26.9
|
0.5
|
O23E
|
A:SIW401
|
4.2
|
24.1
|
0.5
|
W7
|
A:SIW401
|
4.2
|
25.5
|
0.5
|
O18
|
A:SIW401
|
4.3
|
23.4
|
0.5
|
O18E
|
A:SIW401
|
4.3
|
29.5
|
0.5
|
W6
|
A:SIW401
|
4.3
|
25.1
|
0.5
|
O20
|
A:SIW401
|
4.4
|
22.1
|
0.5
|
O20E
|
A:SIW401
|
4.5
|
29.9
|
0.5
|
O14E
|
A:SIW401
|
4.5
|
24.5
|
0.5
|
O16
|
A:SIW401
|
4.6
|
27.8
|
0.5
|
O12E
|
A:SIW401
|
4.7
|
30.2
|
0.5
|
O23
|
A:SIW401
|
4.8
|
28.6
|
0.5
|
O13E
|
A:SIW401
|
4.8
|
23.4
|
0.5
|
|
Reference:
S.M.L.Wouters,
K.Kamata,
K.Takahashi,
L.Vandebroek,
T.N.Parac-Vogt,
J.R.H.Tame,
A.R.D.Voet.
Crystal Structure of S6BE with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate To Be Published.
Page generated: Thu Oct 10 13:41:22 2024
|