Atomistry » Silicon » PDB 7zpz-8i2u » 7zpz
Atomistry »
  Silicon »
    PDB 7zpz-8i2u »
      7zpz »

Silicon in PDB 7zpz: Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate

Protein crystallography data

The structure of Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate, PDB code: 7zpz was solved by S.M.L.Wouters, K.Kamata, K.Takahashi, L.Vandebroek, T.N.Parac-Vogt, J.R.H.Tame, A.R.D.Voet, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å) 42.76 / 1.57
Space group P 43 21 2
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°) 69.826, 69.826, 85.549, 90, 90, 90
R / Rfree (%) 18.9 / 21.7

Other elements in 7zpz:

The structure of Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate also contains other interesting chemical elements:

Tungsten (W) 36 atoms

Silicon Binding Sites:

The binding sites of Silicon atom in the Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate (pdb code 7zpz). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Silicon atom.
In total 3 binding sites of Silicon where determined in the Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate, PDB code: 7zpz:
Jump to Silicon binding site number: 1; 2; 3;

Silicon binding site 1 out of 3 in 7zpz

Go back to Silicon Binding Sites List in 7zpz
Silicon binding site 1 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 1 of Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si301

b:23.8
occ:0.76
SI1 A:SIW301 0.0 23.8 0.8
SI1 A:SIW301 0.9 23.8 0.1
O19E A:SIW301 1.1 23.8 0.1
O8E A:SIW301 1.4 23.8 0.1
O19E A:SIW301 1.4 23.8 0.8
O4 A:SIW301 1.5 23.8 0.8
O4 A:SIW301 1.5 23.8 0.1
O19E A:SIW301 1.6 23.8 0.1
O22 A:SIW301 1.7 23.8 0.8
O21 A:SIW301 1.7 23.8 0.8
O18E A:SIW301 1.9 23.8 0.1
W1E A:SIW301 2.0 23.8 0.1
O7E A:SIW301 2.1 23.8 0.1
W2E A:SIW301 2.2 23.8 0.1
O22 A:SIW301 2.3 23.8 0.1
O21 A:SIW301 2.4 23.8 0.1
O16 A:SIW301 2.4 23.8 0.1
SI1 A:SIW301 2.6 23.8 0.1
O21 A:SIW301 2.7 23.8 0.1
W2E A:SIW301 2.9 23.8 0.1
W3E A:SIW301 3.0 23.8 0.1
W5E A:SIW301 3.0 23.8 0.1
W7 A:SIW301 3.0 23.8 0.1
O2E A:SIW301 3.0 23.8 0.1
W4 A:SIW301 3.0 23.8 0.1
O1E A:SIW301 3.1 23.8 0.1
O9E A:SIW301 3.1 23.8 0.1
O9E A:SIW301 3.2 23.8 0.1
W4E A:SIW301 3.2 23.8 0.1
O8E A:SIW301 3.2 23.8 0.1
O15E A:SIW301 3.3 23.8 0.1
O12E A:SIW301 3.3 23.8 0.1
O1E A:SIW301 3.3 23.8 0.1
O3E A:SIW301 3.3 23.8 0.1
O18 A:SIW301 3.4 23.8 0.8
O17E A:SIW301 3.4 23.8 0.1
O9E A:SIW301 3.4 23.8 0.8
O20E A:SIW301 3.4 23.8 0.1
O16 A:SIW301 3.4 23.8 0.8
W1E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
O23E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
O20 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
W2E A:SIW301 3.5 23.8 0.8
O17 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
W4 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
O18 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W3 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
O7E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W2 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
W1 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
W1E A:SIW301 3.5 23.8 0.8
W5 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
W5E A:SIW301 3.5 23.8 0.8
O20 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W6 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
O2E A:SIW301 3.5 23.8 0.8
O23 A:SIW301 3.6 23.8 0.8
W3E A:SIW301 3.6 23.8 0.8
W6 A:SIW301 3.6 23.8 0.8
O1E A:SIW301 3.6 23.8 0.8
W7 A:SIW301 3.6 23.8 0.8
O8E A:SIW301 3.6 23.8 0.8
W4E A:SIW301 3.6 23.8 0.8
O15 A:SIW301 3.6 23.8 0.8
O7 A:SIW301 3.6 23.8 0.8
O16E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O10E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
W7 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O3E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O22 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O18E A:SIW301 3.7 23.8 0.8
O3 A:SIW301 3.7 23.8 0.8
O4 A:SIW301 3.8 23.8 0.1
W3E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O9 A:SIW301 3.8 23.8 0.8
O16E A:SIW301 3.8 23.8 0.8
O20E A:SIW301 3.8 23.8 0.8
O18E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O8 A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O17E A:SIW301 3.9 23.8 0.8
W1 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O2 A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O1 A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O23 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O23E A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O16 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O20E A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O2 A:SIW301 4.0 23.8 0.1
O16E A:SIW301 4.0 23.8 0.1
O17 A:SIW301 4.0 23.8 0.1
O7E A:SIW301 4.0 23.8 0.8
W5 A:SIW301 4.1 23.8 0.1
O15E A:SIW301 4.1 23.8 0.8
O9 A:SIW301 4.1 23.8 0.1
W4 A:SIW301 4.1 23.8 0.1
O3E A:SIW301 4.1 23.8 0.8
W3 A:SIW301 4.2 23.8 0.1
O8 A:SIW301 4.2 23.8 0.1
O6 A:SIW301 4.2 23.8 0.1
W2 A:SIW301 4.3 23.8 0.1
O14 A:SIW301 4.3 23.8 0.1
W5 A:SIW301 4.3 23.8 0.1
O7 A:SIW301 4.3 23.8 0.1
O2 A:SIW301 4.4 23.8 0.1
O7 A:SIW301 4.5 23.8 0.1
W4E A:SIW301 4.5 23.8 0.1
O1 A:SIW301 4.6 23.8 0.1
O11E A:SIW301 4.6 23.8 0.1
O13E A:SIW301 4.6 23.8 0.1
O15 A:SIW301 4.6 23.8 0.1
O3 A:SIW301 4.6 23.8 0.1
O10E A:SIW301 4.7 23.8 0.1
O17E A:SIW301 4.7 23.8 0.1
O3 A:SIW301 4.8 23.8 0.1
O14E A:SIW301 4.8 23.8 0.1
O15E A:SIW301 4.9 23.8 0.1
W2 A:SIW301 5.0 23.8 0.1

Silicon binding site 2 out of 3 in 7zpz

Go back to Silicon Binding Sites List in 7zpz
Silicon binding site 2 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 2 of Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si301

b:23.8
occ:0.10
SI1 A:SIW301 0.0 23.8 0.1
O21 A:SIW301 0.9 23.8 0.8
SI1 A:SIW301 0.9 23.8 0.8
O19E A:SIW301 1.1 23.8 0.1
O19E A:SIW301 1.5 23.8 0.1
O4 A:SIW301 1.5 23.8 0.1
O22 A:SIW301 1.7 23.8 0.1
O21 A:SIW301 1.7 23.8 0.1
SI1 A:SIW301 1.8 23.8 0.1
O22 A:SIW301 1.8 23.8 0.8
O19E A:SIW301 1.9 23.8 0.8
O18E A:SIW301 2.0 23.8 0.1
O4 A:SIW301 2.1 23.8 0.8
O21 A:SIW301 2.1 23.8 0.1
W1E A:SIW301 2.1 23.8 0.1
O8E A:SIW301 2.2 23.8 0.1
O16 A:SIW301 2.5 23.8 0.1
O7E A:SIW301 2.7 23.8 0.1
W2E A:SIW301 2.7 23.8 0.1
W4 A:SIW301 2.8 23.8 0.8
W4 A:SIW301 2.8 23.8 0.1
O22 A:SIW301 2.8 23.8 0.1
O16 A:SIW301 2.9 23.8 0.8
W2 A:SIW301 2.9 23.8 0.8
O3 A:SIW301 2.9 23.8 0.8
W7 A:SIW301 3.0 23.8 0.1
O9E A:SIW301 3.0 23.8 0.1
O20E A:SIW301 3.1 23.8 0.1
O4 A:SIW301 3.1 23.8 0.1
O7 A:SIW301 3.1 23.8 0.8
O15 A:SIW301 3.2 23.8 0.8
O2 A:SIW301 3.2 23.8 0.8
W7 A:SIW301 3.3 23.8 0.8
W5 A:SIW301 3.3 23.8 0.8
O18E A:SIW301 3.3 23.8 0.8
O1 A:SIW301 3.3 23.8 0.8
W3 A:SIW301 3.4 23.8 0.8
O1E A:SIW301 3.4 23.8 0.1
O2 A:SIW301 3.4 23.8 0.1
W5E A:SIW301 3.4 23.8 0.1
W6 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W3 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W2 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
O18 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W5 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W3E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W1E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W7 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W4 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W1E A:SIW301 3.6 23.8 0.8
O9E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W1 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W4E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O8 A:SIW301 3.6 23.8 0.8
O20 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W2E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O18E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O17 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O9 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O23 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O16 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O8E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O18 A:SIW301 3.6 23.8 0.8
W3E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O2E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O12E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
W5 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O2 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O23E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O8 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O17E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
W1 A:SIW301 3.7 23.8 0.8
O16E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O20E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O1 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O8E A:SIW301 3.7 23.8 0.8
O23 A:SIW301 3.7 23.8 0.8
O20E A:SIW301 3.8 23.8 0.8
O3E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O17 A:SIW301 3.8 23.8 0.8
O16E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O16E A:SIW301 3.8 23.8 0.8
O7 A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O7E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O9 A:SIW301 3.9 23.8 0.8
W2E A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O9E A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O15 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O1E A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O15E A:SIW301 4.0 23.8 0.1
O7E A:SIW301 4.0 23.8 0.8
O3 A:SIW301 4.0 23.8 0.1
W4E A:SIW301 4.0 23.8 0.8
O20 A:SIW301 4.0 23.8 0.8
O3E A:SIW301 4.1 23.8 0.1
O17E A:SIW301 4.1 23.8 0.1
W6 A:SIW301 4.1 23.8 0.8
O7 A:SIW301 4.2 23.8 0.1
O3 A:SIW301 4.2 23.8 0.1
W4E A:SIW301 4.2 23.8 0.1
O14 A:SIW301 4.2 23.8 0.1
O10E A:SIW301 4.3 23.8 0.1
O1E A:SIW301 4.3 23.8 0.8
O2E A:SIW301 4.3 23.8 0.8
O23 A:SIW301 4.3 23.8 0.1
W3E A:SIW301 4.3 23.8 0.8
W5E A:SIW301 4.4 23.8 0.8
W2 A:SIW301 4.4 23.8 0.1
O14 A:SIW301 4.4 23.8 0.8
O6 A:SIW301 4.5 23.8 0.1
O17E A:SIW301 4.5 23.8 0.8
O15E A:SIW301 4.6 23.8 0.1
O10 A:SIW301 4.6 23.8 0.8
O23E A:SIW301 4.6 23.8 0.8
O3E A:SIW301 4.6 23.8 0.8
O15 A:SIW301 4.7 23.8 0.1
W6 A:SIW301 4.7 23.8 0.1
O2E A:SIW301 4.8 23.8 0.1
O6 A:SIW301 4.8 23.8 0.8
O1 A:SIW301 4.9 23.8 0.1
O18 A:SIW301 4.9 23.8 0.1
W5E A:SIW301 4.9 23.8 0.1
W3 A:SIW301 4.9 23.8 0.1
O8 A:SIW301 5.0 23.8 0.1
O13 A:SIW301 5.0 23.8 0.8
O15E A:SIW301 5.0 23.8 0.8
O11 A:SIW301 5.0 23.8 0.8

Silicon binding site 3 out of 3 in 7zpz

Go back to Silicon Binding Sites List in 7zpz
Silicon binding site 3 out of 3 in the Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Silicon with other atoms in the Si binding site number 3 of Crystal Structure of PIZZA6-Tnk-Rsh with Silicotungstic Acid (Sta) Polyoxometalate within 5.0Å range:
probe atom residue distance (Å) B Occ
A:Si301

b:23.8
occ:0.14
SI1 A:SIW301 0.0 23.8 0.1
O21 A:SIW301 1.2 23.8 0.8
O3 A:SIW301 1.3 23.8 0.8
W2 A:SIW301 1.4 23.8 0.8
O19E A:SIW301 1.5 23.8 0.1
O4 A:SIW301 1.5 23.8 0.1
O22 A:SIW301 1.7 23.8 0.1
O21 A:SIW301 1.7 23.8 0.1
O22 A:SIW301 1.7 23.8 0.1
O21 A:SIW301 1.8 23.8 0.1
SI1 A:SIW301 1.8 23.8 0.1
O1 A:SIW301 2.0 23.8 0.1
O4 A:SIW301 2.1 23.8 0.1
W3 A:SIW301 2.1 23.8 0.1
O1 A:SIW301 2.2 23.8 0.8
W2 A:SIW301 2.2 23.8 0.1
O7 A:SIW301 2.3 23.8 0.8
O9 A:SIW301 2.4 23.8 0.1
W4 A:SIW301 2.5 23.8 0.8
O8 A:SIW301 2.5 23.8 0.1
SI1 A:SIW301 2.6 23.8 0.8
W1 A:SIW301 2.9 23.8 0.1
O16 A:SIW301 2.9 23.8 0.8
O10 A:SIW301 2.9 23.8 0.8
O22 A:SIW301 2.9 23.8 0.8
O8 A:SIW301 2.9 23.8 0.8
O15 A:SIW301 3.0 23.8 0.1
O15 A:SIW301 3.0 23.8 0.8
O2 A:SIW301 3.1 23.8 0.8
O3 A:SIW301 3.1 23.8 0.1
O17 A:SIW301 3.1 23.8 0.1
O19E A:SIW301 3.2 23.8 0.1
W3 A:SIW301 3.2 23.8 0.8
O4 A:SIW301 3.3 23.8 0.8
O7 A:SIW301 3.3 23.8 0.1
W7 A:SIW301 3.3 23.8 0.1
O2 A:SIW301 3.4 23.8 0.1
O16E A:SIW301 3.4 23.8 0.1
O16 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W7 A:SIW301 3.5 23.8 0.8
O18E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W4E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W5 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W4 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W1 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
O17E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W3E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
O9 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W6 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W1E A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W3 A:SIW301 3.5 23.8 0.1
W5 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W5E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W2 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O18 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O20 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
W2E A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O18 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O19E A:SIW301 3.6 23.8 0.8
W4 A:SIW301 3.6 23.8 0.1
O20E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O8 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O2 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O11 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O17 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O20 A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O9E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O14 A:SIW301 3.7 23.8 0.8
O23E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O7E A:SIW301 3.7 23.8 0.1
O23 A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O2E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O1 A:SIW301 3.8 23.8 0.1
W5 A:SIW301 3.8 23.8 0.8
O8E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O15E A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O7 A:SIW301 3.8 23.8 0.1
O1E A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O3E A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O18E A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O9 A:SIW301 3.9 23.8 0.8
W1 A:SIW301 3.9 23.8 0.8
O10 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
W6 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O23 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O15 A:SIW301 3.9 23.8 0.1
O3 A:SIW301 4.0 23.8 0.1
W7 A:SIW301 4.1 23.8 0.1
O16 A:SIW301 4.1 23.8 0.1
O18 A:SIW301 4.2 23.8 0.8
O16E A:SIW301 4.2 23.8 0.1
O23E A:SIW301 4.2 23.8 0.1
O16E A:SIW301 4.2 23.8 0.8
W5E A:SIW301 4.3 23.8 0.1
O12 A:SIW301 4.3 23.8 0.1
W4E A:SIW301 4.4 23.8 0.1
O18E A:SIW301 4.4 23.8 0.1
O20E A:SIW301 4.5 23.8 0.1
O17 A:SIW301 4.5 23.8 0.8
O6 A:SIW301 4.6 23.8 0.8
O11 A:SIW301 4.6 23.8 0.8
O2E A:SIW301 4.7 23.8 0.1
O20E A:SIW301 4.8 23.8 0.8
O23 A:SIW301 4.8 23.8 0.8
O17E A:SIW301 4.8 23.8 0.1
W1E A:SIW301 4.8 23.8 0.8
W1E A:SIW301 4.8 23.8 0.1
O7E A:SIW301 4.9 23.8 0.8
O20 A:SIW301 5.0 23.8 0.8

Reference:

S.Wouters, K.Kamata, K.Takahashi, L.Vandebroek, T.N.Parac-Vogt, J.R.H.Tame, A.R.D.Voet. Mutational Study of A Symmetry Matched Protein-Polyoxometalate Interface To Be Published.
Page generated: Fri Jul 28 04:04:15 2023

Last articles

Cl in 1Q7R
Cl in 1Q6S
Cl in 1Q6P
Cl in 1Q6N
Cl in 1Q4T
Cl in 1Q4L
Cl in 1Q4N
Cl in 1Q17
Cl in 1Q14
Cl in 1PY2
© Copyright 2008-2020 by atomistry.com
Home   |    Site Map   |    Copyright   |    Contact us   |    Privacy